CRONISTA.- Nació en Valladolid, antigua capital del reino de Castilla en 1514. Hijo legítimo de López Díaz de Zárate. Escribano de Cámara del Consejo de Indias y del Consejo Real, órgano supremo administrativo y judicial de Castilla que en 1522 renunció su oficio en su hijo (nuestro Cronista) para que lo desempeñe al cumplir su mayoría de edad y de Isabel de Polanco.
Creció en Valladolid junto a sus padres y a su única hermana llamada Jerónima de Zárate, quien contraería matrimonio con Diego López de León y Ondegardo, hidalgo vallisoletano de quien enviudaría pronto, hacia 1538.
En 1532 entró en posesión de su plaza en el Consejo. El 36 casó con Catalina de Bayona nacida en Medina del Campo, hija mayor del abastecedor de la carnicería de la Corte, hombre adinerado, que dotó a su hija con la suma de tres mil ducados.
Sujeto culto y especializado en números pues durante quince años fue Contador del Consejo Real de Castilla. En 1543 fue designado Contador de Mercedes para el virreinato del Perú a fin de que tome cuentas a los Oficiales Reales, arribando al año siguiente en la expedición del primer Virrey Blasco Núñez de Vela y junto a los Oidores que venían a instalar la Audiencia de Lima, pero cuando dicho Virrey quiso implantar las nuevas Ordenanzas se rebelaron los Encomenderos y se produjo el alzamiento de Gonzalo Pizarro contra las fuerzas del Rey.
Estando en Lima y ya depuesto el Virrey, la Audiencia le designó con Antonio de Rivera, como negociador con los Encomenderos para que Pizarro abandone el ejercito que mantenía en Jauja y entre a Lima acompañado solamente de una pequeña escolta, pero en Huarochirí fueron apresados Zarate y Rivera por el Capitán Jerónimo de Villegas que estaba acompañado de treinta arcabuceros, quien les arrebató las comunicaciones y provisiones que llevaban. Diez días después arribó Gonzalo Pizarro y solo entonces Zarate pudo dar cuenta de su comisión en privado, aunque en publico se pronuncio al revés, por temor a que le quiten la vida, y en lugar de convencer a los alzados para que depongan las armas y se reduzcan al estado de obediencia, mintió diciendo que había llegado al Perú para informarse de los acontecimientos, volver a la Corte y dar cuentas al Emperador.
Pizarro aprovechó la oportunidad para dejarle libre a condición que vuelva a Lima y trasmita su amenaza a los Oidores, de entrar a saco en la ciudad si no se entregaban. Con tal respuesta se intimidaron las autoridades en Lima y como estaba en la ciudad el Maestre de Campo Francisco de Carvajal, del bando de Pizarro, que había aprisionado a varios individuos y ahorcado a algunos, tras una Junta acordaron abrirle las puertas a Pizarro, entregarle el mando y gobierno del reino con sujeción a lo que resuelva el Rey, superando el impasse.
Con posterioridad desempeñó el cargo de Notario y autorizó la división y demarcación del Obispado de Charcas en 1553. A finales de ese año volvió a España y fue arrestado en Valladolid acusado de traición por haber intervenido en el levantamiento pizarrista; sin embargo logró hacer llegar al Príncipe Felipe unos borradores que tenia escritos desde el Perú con gran secreto pues muchos Oficiales estaban interesados en que no se conozcan algunos hechos atroces perpetrados durante la conquista y con posterioridad a ella. Estos borradores le agradaron tanto al Príncipe, que éste le encargó ampliarlos y darles la forma de una Historia.
Durante el tiempo que permaneció detenido, que no fueron muchos meses, escribió la otra parte de su “Historia del descubrimiento y conquista de la provincia del Perú y de las guerras y cosas señaladas en ella, acaecidas hasta el vencimiento de Gonzalo Pizarro y de sus secuaces” considerada la más antigua versión del Imperio de los Incas, su conquista y la guerra civil, porque contiene valiosas referencias y descripciones sobre la etnografía andina. Con la Historia General de las Indias de López de Gómara este libro sirvió a Garcilazo de la Vega para elaborar sus Comentarios Reales. En 1554 hizo averiguaciones de la plata en las minas andaluzas de Guadalcanal recién comenzadas a explotar, restableciendo el orden en la extracción del mineral y en la recaudación fiscal.
En 1555 se encontraba en Amberes ejerciendo la gobernación de la Hacienda de los Países Bajos por encargo del Emperador Carlos V, que le perdonó su anterior devaneo político y premió sus buenos servicios. El trabajo consistía en calcular y cobrar el impuesto llamado Diezmo de la Mar. Ese año salió impresa su Historia en dicha ciudad, dividida en cinco libros y escrita en buen estilo y con la ventaja de que su autor, por haber estado en las Indias, era testigo presencial de muchísimos de los sucesos que trae y relata en detalle. Una segunda edición salió en Sevilla en 1577 corregida y aumentada en la imprenta de Alonso Escribano. Pronto surgieron varias traducciones al italiano, al alemán en 1563 y al inglés en 1581.
Ha sido calificado de excelente escritor, metódico y de claridad, galano en el lenguaje. El primero de sus libros trata sobre los preparativos de Francisco Pizarro para el descubrimiento de la región hasta la llegada de Zárate. Los tres restantes contienen los acontecimientos ocurridos en el Perú entre 1544 y el 50 escritos con realismo e intensidad dramática, sobre todo el quinto, que es el más interesante.
Sus fuentes fueron Rodrigo Lozano vecino de Trujillo en el Perú y unos papeles que pertenecieron al Presidente La Gasca.
Con posterioridad al año de la primera edición de su Crónica fue Contador de Mercedes en la Corte y se dedicó a hacer modificaciones para evitar caer en los Indices Expurgatorios del Santo Oficio, sobre todo en el capítulo dedicado a la Idolatría aborigen que fue eliminado.
En 1574 residía en Sevilla de administrador de las salinas de tierra, debiendo cobrar dos reales por cada fanega de sal que se extrajera de aquellos yacimientos. En 1582 pasó a la toma de cuentas del Factor Francisco Duarte el mozo, de la Casa de Contratación de Sevilla. En 1589 se domicilió en Madrid y era considerado una personalidad eminente pues figura en las Elegías de varones de Indias de Juan de Castellanos.
Estaba casado en segundas nupcias con la hidalga castellana Isabel Sotelo de Ribera, dejó una sola hija llamada Isabelica y un sobrino en Indias, el famoso Cronista Polo de Ondegardo.
Su Historia conoció dos reimpresiones, en Venecia en 1563 y en Sevilla en 1577.
