En 1859 de Quito habían destacado tropas a Riobamba, donde se incorporaron las que salieron de Cuenca, luego que Urbina dimitió el mando y se fue. Urbina había dejado el ejército en libertad para obrar como quisiera: una división comandada por el General Raimundo Ríos marchó de Cuenca a Guayaquil, otra por el General Fernando Ayarza se disolvió en el camino. EL Coronel Patricio Vivero se dirigió a sostener el triunvirato de Quito.
En 1860 celebararon un armisticio en Asancoto, aldea no distante de Guaranda, jefes debidamente autorizados. El General Ríos, quien se hallaba en San Miguel, aprobó dicho armisticio, el 17 de Febrero; pero el General Maldonado lo desaprobó de Guaranda. Estos dos eran los respectivos Generales Comandantes en jefe de las dos tropas beligerantes. La de Ríos se replegó a Babahoyo, y aún a Guayaquil; la de Maldonado marchó a Cuenca, a combatir con la que mandaba el General Ayarza. Los dos Generales tuvieron una entrevista a la entrada de Cuenca, y de ella resultó que Ayarza no opuso resistencia. Debe atribuirse esta conducta de Ayarza a que Franco había perdido prestigio entre los hombres como aquel. Toda la tropa de Cuenca se rindió; y Maldonado entró a la ciudad sin combate. Ayarza partió inmediatamente a Quito.