Nació en Cuenca el 29 de abril de 1845. Luego de los estudios universitarios en su ciudad natal adquirió el título de abogado con gran lucimiento. Después efectuó sus estudios teológicos para culminar brillantemente con la Ordenación Sacerdotal en el año 1869.
En su Diócesis de origen desempeño el cargo de Cura y Vicario Foráneo de Azogues, desde el 9 de agosto de 1875 hasta 1882.
En la ciudad de Guayaquil se encontraba ya en 1885, pues, el 30 de noviembre de este año Monseñor Roberto María del Pozo, le nombre su Secretario.
Sin prever las circunstancias, este sacerdote iba a ser el instrumento para que se produzca la prolongada vacancia de la Sede Episcopal. El pretexto fue el nombramiento de canónigo Maestrescuela para el Rdo. Miguel Ortega Alcocer, el 15 de enero de 1887 tomo posesión de la Silla Canonical el 15 de octubre de dicho año.
Desde este fatídico año de 1888 la feligresía guayaquileña se privo de Obispo propio hasta 1912 en que llego a la Silla Episcopal de Guayaquil el “santo” Obispo Juan María Riera, dominicano.
En Rvmo. Dr. Ortega Alcocer fue autor de la obra “anulación del Auto de Polit”.
