HISTORIADOR.- Nació en Guayaquil en 1879. Hijo legítimo del General Reinaldo Flores Jijón, que alcanzó sus grados en la guerra de los Restauradores de 1883, luego fue Jefe de la Flota que persiguió a Alfaro en aguas manabitas el 84, Comandante Militar de Guayaquil hasta el 95 cuya biografía puede verse de Quito en 39 páginas. El 10 y con motivo de la movilización nacional a la frontera durante el conflicto con el Perú publicó “El Ecuador y el Perú, Resumen de la cuestión de límites”, en inglés, idioma que dominaba enteramente, para apreciación de la prensa norteamericana, en 14 páginas, y en español para consumo nacional en 13 páginas, e ingresó a la Academia Nacional de Historia de Colombia.
En 1911 entró en polémicas con Roberto Andrade a causa de su folleto titulado “Defensa”. En Enero del 12 pidió el traslado del General Alfaro y sus tenientes – presos en Guayaquil – para su juzgamiento en Quito y aparecieron “Los Himnos Americanos” y “El segundo apellido de Mejía”, ambos en Cádiz. En 1914, mientras visitaba Barcelona, tuvo la oportunidad de entrar en conversaciones con Nicolás Augusto González Tola, quien pasaba graves penurias económicas. González Tola era autor de los cuatro tomos de “Cuestión Histórica, el asesinato del Gran Mariscal de Ayacucho”, obra de gran aliento, esclarecedora de los antecedentes y circunstancias que acompañaron a tan doloroso magnicidio, haciendo recaer la mayor parte de la responsabilidad en la persona del General Juan José Flores, nada menos que abuelo paterno de nuestro biografiado, quien propuso a González Tola una cierta suma de dinero por su retractación notarizada, que dicho autor tuvo que aceptar, pues estaba en la indigencia. En la retractación González Tola se disculpaba manifestando que la documentación para escribir su obra, le había sido proporcionada en Lima por el General Alfaro, quien a su vez la había recibido del Director de la Biblioteca Nacional Francisco de Paula Vigil, de manera que no se responsabilizaba de la veracidad de dichos documentos. Tras este incidente de corte más bien intelectual, pasó a Inglaterra en 1915 a fin de visitar a su madre y hermanas, radicadas en Londres, a quienes no veía en mucho tiempo. Recién en 1918 regresó a Quito. Entonces ayudó a su primo Cristóbal de Gangotena y Jijón en la preparación de varios trabajos genealógicos, bajo la pretensión de que le hiciera constar como coautor, lo que no ocurrió; de allí el distancia miento entre ambos parientes ocurrido en 1920 cuando Flores y Caamaño publicó bajo su total responsabilidad y autoría – porsu cuenta – la genealogía de su familia materna, los Caamaño. De esta época debe ser el obsequio del voluminoso archivo Flores, que recibió de su tía Josefina Flores Jijón, viuda y sin hijos de Manuel Felipe Barriga Carcelén.
El año 19 había editado “Las banderas de Tarqui y el Congreso de 1919” en dos partes de 12 y 20 páginas respectivamente. El 20 sacó “La Representación del Ecuador en la I Conferencia Panamericana de Washington (1889-1890) en 36 páginas. El 21, junto a Víctor Manuel Rendón Pérez, solicitó y obtuvo del Congreso Nacional que no se canten algunas estrofas del Himno por ser lesivas a España. El Rey Alfonso XIII les envió su más sincero agradecimiento por tan señalado acto de confraternidad hispanoamericana.
El 23 continuó con sus trabajos históricos dando a la luz pública “Un Escudo de Armas de la ciudad de Quito, con una breve explicación histórica” en 8 páginas e ilustraciones. El 24 “Antiguallas históricas de la Colonia” y a consecuencia de la venta del archivo Flores a un país extranjero, sostuvo un acalorado debate con Luís Felipe Borja Pérez (hijo) que siempre fue una persona intransigente y difícil. El caso es que primero Flores y Caamaño había ofrecido el archivo en venta al gobierno ecuatoriano que no se interesó en el asunto, de manera que luego procedió a venderlo como ya se indicó. Esta ligereza de su parte hizo que la Academia Nacional de Historia lo separe de su seno, tras lo cual renunció a ella su cuñado el gran historiador y mecenas Jacinto Jijón y Caamaño (casado con María Luisa Flores y Caamaño) a quien había vendido con anterioridad tres tomos de la documentación.
El 25 apareció “Lima 1924” folleto en homenaje al Centenario de la batalla de Ayacucho. El 26 “El verdadero testamento del Gran Mariscal de Ayacucho y una de las últimas cartas que dirigió a su esposa, publicados con otros documentos” en pequeño volumen en cuarto en 96 páginas. En 1929 falleció su madre en la casa de la calle Sucre y García Moreno y heredó una suma bastante considerable para su tiempo. El 30 comenzó a publicar “El Centenario de la República del Ecuador. Causas de la división de la antigua Colombia y el establecimiento del Estado del Ecuador” en varias entregas aparecidas en el diario “El Debate” de Quito. Con cincuenta años a cuesta, soltero y sin descendencia, entró en un período de inercia intelectual. De allí en adelante dividió su tiempo viajando entre Quito y Lima, capital a la que se sentía muy unido en razón de haber vivido los años de su juventud en ella. Allí hacía una vida social intensa y costosa, almorzando y cenando con amigos en los salones del aristocrático Club Nacional, pero justamente por eso sus publicaciones decayeron en importancia, de suerte que el José Mejía en las Cortes de Cádiz se conserva como la mejor de sus obras.
El 34 sacó “En el cuarto centenario de la Fundación española de la ciudad de Quito 1534-1934” en cuarto y 25 páginas. Nuevamente en Quito vivía con modestia en un departamento céntrico, alquilado. Por las mañanas visitaba los archivos y las escribanías y por las tardes paseaba por el Pasaje Royal o por el portal de las monjas Conceptas. Tenía pocos amigos aunque no faltaban personas que recurrían a sus conocimientos históricos, pero como jamás quiso ser un personaje popular, vivía a la defensiva, se mostraba parco y hasta esquivo.
El 39 publicó el testamento de Miguel de Santiago con notas aclaratorias pues comenzaba su interés por las vidas y obras de los principales artistas coloniales. El 40 “La Primera figura científica de la colonia Don Pedro Vicente Maldonado”. El 43 “Expedientes y otros datos inéditos acerca del Dr. José Mejía del Valle y Lequerica con nuevos aspectos sobre la vida del sabio, en 78 páginas. El 44 “El artista Don Manuel Samaniego y Jaramillo, quiteño, escultor y pintor”, con documentos inéditos. El 48 “Las primeras poesías de Don Miguel Antonio Caro”. El 49 “El célebre mártir de la ciencia médica en el Perú. Daniel Alcides Carrión, hijo de ecuatoriano, con documentos inéditos. El 51, ya definitivamente instalado en la capital peruana, apareció “Artista nacional inolvidable. Bernardo de Legarda y del Arco. El 55 “Un virrey y su favorita” y el 60 “Objeciones históricas a la obra de Ángel Grisanti titulada El Gran Mariscal de Ayacucho y su esposa la Marquesa de Solanda y a tres anteriores del mismo origen” en 390 páginas, donde campea un fino estilo y una profunda erudición no exenta de apasionamiento.
Desde 1969 empezó a sentirse mal del corazón, una insuficiencia complicada con arritmia le hacía dificultosa la respiración y se cansaba incluso cuando estaba en casa. Su condición se fue agravando y finalmente falleció en Lima en Abril de 1970 de noventa y un años de edad, con su fortuna muy disminuida. Por testamento legó sus haberes al Hospital San Juan de Dios de Quito y su archivo personal a la Academia Nacional de Historia del Ecuador, pero ninguna de dichas instituciones se preocupó de reclamar oportunamente, se perdieron, especialmente sus valiosos originales inéditos. Fue uno de los mayores historiadores ecuatorianos de todos los tiempos y aunque su producción bajó considerablemente al final de su vida, conservó una admirable memoria, facilidad de estilo y locuacidad de expresión. Estatura baja, rostro blanco, faz agradable, contextura delgada y distinguida, conoció como pocos el Quito antiguo y colonial. El país no ha reconocido sus méritos ni aquilatado sus obras, que deberían ser republicadas en varios volúmenes.