GENERAL.- Nació en el Palacio Presidencial el 14 de Septiembre de 1840 durante el segundo mandato de su padre el general Juan José Flores, casado con Mercedes Jijón y Vivanco, quiteña. Cinco años después y a causa de la revolución nacionalista del 6 de Marzo y de los Tratados de la Elvira, salía su padre a Europa, dejando a la familia en Quito. En 1853 su padre dirigió la invasión naval a Guayaquil y su esposa e hijos fueron expulsados del país. Partió con su madre y hermanos a Santiago de Chile donde les esperaba su padre. Ingresó a la escuela militar y recibió tres años de lecciones. A principios de 1857 entró en la Marina de la República del Perú y conquistó los galones de Alférez de Fragata. En 1858 fue admitido en la escuadra Británica del Pacífico que comandaba el Almirante Seymour y sirvió un año a bordo de los cruceros “Monarch” y “Retribution”, separándose para venir al Ecuador con motivo de los sucesos que aquí se desarrollaban y en los que tomó parte activa con su padre que había amistado con García Moreno. El 24 de Septiembre de 1860 estuvo en el paso del estero Salado y batió a las tropas guayaquileñas del General Guillermo Franco Herrera.
En 1862, con el grado de Sargento Mayor y al frente del Cuarto Escuadrón de Húsares de la muerte, peleó en la batalla de Cuaspud contra la vanguardia enemiga; pero la acción resultó desastrosa para los ecuatorianos pues la caballería se atascó en el lodo y fue prácticamente diezmada. Herido y envuelto por el enemigo fue tomado prisionero y sólo recobró su libertad cuando se firmó y ratificó el Tratado de Pinsaquí. El 1 de Octubre de 1863 ascendió a Capitán, poco después salió del ejército para trabajar las propiedades de su padre en Babahoyo. Por entonces contrajo matrimonio con Ana Caamaño y Cornejo, unión feliz con ocho hijos. En febrero de 1879 intentó con Vicente Paz y otros más una revolución contra el gobierno del Presidente Ignacio de Veintemilla, pero al fracasar fueron perseguidos, apresados y desterrados a Lima. (1) En 1881 pudo regresar con permiso y bajo vigilancia de las autoridades, concibió el audaz proyecto de apoderarse de uno de los cuarteles, fue descubierto y volvió a salir al Perú en Julio de 1882.
En Lima se dedicó afanosamente a organizar la expedición del Sur que en noviembre invadió la frontera de Loja y se puso a las órdenes del General Francisco J. Salazar. Flores siguió como Jefe de Estado Mayor comandando la Primera División y asistió a todas las acciones hasta que el 10 de Enero de 1883 tomaron Quito, entrando por la Plaza de Santa Clara. Existe un Cuadro al óleo de grandes dimensiones donde se le ve a caballo cuando ingresa de noche a la capital. Casi enseguida comenzó la movilización armada de los Restauradores a la costa. Allí actuó como Jefe de Operaciones con Campamento en Mapasingue y al caer la ciudad el 9 de Julio ocupó uno de los cuarteles. En la Asamblea Nacional reunida en Quito le fue negado el ascenso a General. En 1884 Alfaro se presentó en las costas del norte del Ecuador con un buquecito armado de nombre “Alajuela”. El primer encuentro tuvo lugar en aguas de Tumaco y fue indeciso. Alfaro siguió a Manabí y Flores le salió el 30 de noviembre a bordo del vapor “9 de Julio”, acompañado de “El Huacho” y de tres buquecitos menores “Sucre”, “Victoria” y “Mary Rose”. La pequeña flota era comandada por Nicolás Bayona, actuaba de secretario Pacifico Arboleda, el coronel Juan Villavicencio dirigía el Estado Mayor y trescientos hombres para el combate. El “9 de Julio” era un vapor casi nuevo y de mucho andar, no así el “Huacho” que casi no podía desplazarse por la vetustez de su máquina que además estaba en pésimo estado, por eso tenía que ser remolcado cada cierto trecho.
El 2 de Diciembre se enteró Flores en Salinas de que las fuerzas gubernistas habían derrotado a una partida de montoneros liberales en Portoviejo, que la situación estaba prácticamente dominada en Manabí y dada la superioridad de su vapor, decidió buscar y atacar al “Alajuela” para limpiar nuestras aguas de liberales. De entrada decretó el cierre de los puertos de Manta y Bahía. El 3 encontró al “Alajuela” en el interior de la desembocadura de Bahía teniendo que esperar la entrante para poder salir diariamente. Como Flores lo sabía, decidió aprovechar la mañana siguiente para ir a ver qué le había pasado al “Huacho”, que se hallaba muy retrasado y para dejar parte de su tribulación en lasplayas de Jaramijó, a fin de que avanzaran por tierra y encerraran a los liberales en un movimiento de pinzas. El 4 realizó igual movimiento y otra vez el 5, patrullando las costas manabitas del norte a fin de contactar con los suyos, pero al regresar por la tarde no halló al “Majuela” que se había escapado con las primeras aguas de la marea e iba en percusión del “Huacho”, al que encontró en aguas de Jaramijó a la una de la madrugada del 6, tomándole por abordaje.
Los del “Huacho” dispararon un cañoncito, cuyo ruido se oyó a lo lejos, donde estaba el “9 de julio”. Flores acudió al combate, mientras los liberales daban buena cuenta de la casi totalidad de las fuerzas del “Huacho” en una carnicería sin precedentes, pues ambas naves seguían fuertemente unidas por sogas. Al darse cuenta Alfaro que venía Flores con los suyos quiso espolear al “9 de Julio” pero fue evitada la maniobra y así estuvieron ambos vapores algunos minutos, mientras el “Alajuela’” era consumido lentamente por el fuego que se había declarado en la cubierta. Entonces el Jefe liberal ordenó hundir la nave y lanzarse a la playa de Balsamaragua cerca de Crucita, escapando hacia las selvas a Tumaco y Panamá, mientras las fuerzas gobiernistas quedaban dueñas de la situación aunque con enormes pérdidas. En Octubre del 85 Alfaro editó “Campaña de 1884”, Flores le replicó con “La campaña de la Costa. 1885” y Pacífico Arboleda con “Refutación del Combate de Jaramijó.” Ese año salió del ejército y pasó a la colecturía de Sales en Babahoyo, en Julio del 86 alcanzó el grado de General de la República, por decreto de las dos Cámaras reunidas en Congreso Pleno, por 42 votos contra 14 y 1 en blanco.
En 1888 desempeñó la Comandancia de Armas de Guayaquil durante los últimos meses de la Presidencia de Caamaño y fue ratificado por su hermano Antonio Flores Jijón. En dichas funciones aún se encontraba el 4 de Diciembre de 1894 cuando se conoció el negociado de la venta de la Bandera y hubo una reunión cívica en la Plaza Rocafuerte. Las estatuas de lospróceres Bolívar y Rocafuerte, únicas que existían en la ciudad se cubrieron de crespones de luto, comenzó una masiva protesta ciudadana. El Gobernador Plácido Caamaño no creyó que debía permitirse tal tipo de demostraciones y propuso a Flores que saliera a contener al populacho, pero este se negó para evitar inútiles derramamientos de sangre. En Enero de 1895 comenzaron en Milagro las montoneras montubias, Plutarco Bowen ocupó Daule en Mayo. El día 29 sostuvo Flores un cruce de palabras con Caamaño que terminó a bofetadas. Flores renunció en la mañana del 4 de Junio ante una junta Cívica pues era un militar de honor y antes de ausentarse a Lima lanzó una Proclama, que en su parte saliente dice:
“Cuando se descubrió el inicuo atentado a la bandera con el malhadado negocio del Esmeraldas, me habéis visto romper hasta íntimos lazos para impugnar este crimen monstruoso y sin ejemplo en la historia…” A la mañana siguiente, viéndose abandonado de sus jefes, los oficiales y soldados de la Artillería y demás cuerpos quienes se ausentaron de sus cuarteles y partieron a la sierra en forma desordenada, se embarcó junto a los suyos y partió al Perú. El populacho tomó los locales vivando la revolución. Residió en Lima con los suyos y falleció en el Balneario de Barranco, al lado de dicha capital, el 3 de Julio de 1904, de tan solo 64 años de edad. Fue un militar sereno, valiente, leal y en lo social brilló por sus buenas prendas de cultura y caballerosidad sin tacha. Blanco, alto, robusto, de patilla anchas y nariz grande y caída. Su trato llano, cortés hasta ceremonioso pero sin afección, denotaba al hombre de mundo.