PRESIDENTE DE LA AUDIENCIA DE CHARCAS.- Nació en Latacunga el 30 de julio de 1733. Hijo segundogénito del Coronel de las Milicias urbanas de Quito, Antonio Flores de Vergara, natural de Ambato, creado Marqués de Miraflores en 1746, confirmado en 1751, rico propietario en Latacunga, caracterizado por su afabilidad e irreprochable conducta, era muy entendido en matemáticas y en 1769 hizo imprimir en Madrid, en español, el libro “Viajes de Enrique Wanton al país de las monas” de Zaccaria Seriman, que se había editado en italiano en 1749 en Venecia y contiene Sátiras a las costumbres españolas de su tiempo y de María Jiménez de Cárdenas, latacungueña. Huérfano de madre de corta edad.Transcurrieron sus primeros años plácidamente en las haciendas de su padre donde aprendió el quechua; a los diez años viajó a Quito, fue matriculado en el Colegio Seminario de “San Luis” y se graduó de Maestro en Artes y Bachiller en Filosofía en 1748 en la Universidad de San Gregorio. Posteriormente emprendió viaje a España y estudió en el Colegio de Nobles de Madrid con singular aprovechamiento especializándose en matemáticas, materia que luego enseñó en dicho colegio.
En 1755 recorrió las principales cortes de Europa, aprendió latín, inglés, francés e italiano merced a la munificencia de su padre que no escatimó gasto alguno con tal objetivo, por eso sus viajes duraron varios años. De regreso a España ingresó de Cadete al Regimiento de Caballería de Brabante; en 1772 fue Capitán de Voluntarios a Caballo bajo las órdenes del General Alejandro O’ Reilly y luchó contra los ingleses en el asalto a Gibraltar y en la invasión a la isla Menorca.
Firmado el Tratado de paz en 1777 fue designado por sus conocimientos científicos y matemáticos, Gobernador de las Armas de la recién creada Provincia de Moxos en los antiguos territorios de las misiones jesuitas del Paraguay que estaban en abandono desde su expulsión diez años antes. Entonces recibió instrucciones detalladas de cuidar dichas regiones para que no continuara la penetración portuguesa. El 5 de junio del año siguiente prestó juramento ante la Audiencia de Charcas (La Plata) e inició su gobierno. En 1779 fue promovido al grado de Teniente Coronel de caballería y al estallar ese año la formidable insurrección de Tupac Amaru, Cacique de Tungasuca, recibió desde Buenos Aires el título de “Pacificador militar” a tiempo que Tupac Amaru era ejecutado por orden del visitador Areche; en tales circunstancias, algunos de sus parientes indígenas se hicieron cargo de las fuerzas rebeldes y reiniciaron la lucha. Flores movilizó sus fuerzas en auxilio de las autoridades de La Plata, asediadas por miles de indios en son de guerra. El combate se dio en “La Punilla” y favoreció a los realistas que recuperaron la ciudad.
Reiniciadas las operaciones Flores avanzó a La Paz con solo seiscientos hombres y consiguió alejar a las fuerzas del Cacique Julián Apasa que se retiraron a los montes. Flores ocupó el cerro denominado “El Alto” único acceso por donde se abastecía esa urbe y dejando una guarnición al mando del Comandante José de Reseguín, se dirigió a pacificar las otras provincias levantadas y recobró la villa de Oruro, también cercada. Entonces le llegó el ascenso a Coronel y comenzaron sus problemas con los Oidores de la Audiencia, que deseaban imponer el terror a toda costa con torturas, ahorcamientos y mutilaciones.
En 1782 fue elevado a la dignidad de Presidente de la Audiencia de Charcas, con capital en La Plata o Chuquisaca, siendo homenajeado en la Universidad de San Francisco Xavier con una “Oración Panegírica” pronunciada por el Catedrático de Vísperas, Dr. Juan José de Segovia; pero, ese inesperado ascenso administrativo, lo convirtió en el jefe de la facción de los criollos, que desde antaño venían enfrentándose a los españoles o chapetones.
Flores inició su gobierno restituyendo a los últimos sublevados a la obediencia pues “en su arte de hacer la guerra entraba más la reflexión que el atrevimiento y el deseo de pacificar más que el de destruir. “A los indios hablaba en quechua y sin maltratarlos, respetando a los rebeldes que se acogían a su generoso indulto. Un mínimo incidente como fue la elección del Rector de la Universidad de La Plata, motivó que un grupo de españoles lo denunciara a la corte, acusándolo de conducta blanda para con los vencidos.
En 1783 el Ministro del Rey, José Gálvez, comisionó a la Audiencia para que castigue a los responsables de los sucesos de Oruro. El Oidor Lorenzo Blanco Cicerón, el Fiscal Domingo Arnais de las Revillas y el Asesor Francisco Cano instauraron en La Plata un proceso contra Flores, para investigar si estaban pacificadas las provincias y entraron en acuerdos con el Virrey de Buenos Aires, Nicolás del Campo, Marqués de Loreto, para indisponerlo ante la Corte.
En 1785 el elemento criollo de La Plata se amotinó contra el Regimiento de Granaderos del Rey y entrando en el Palacio de la Audiencia soltaron a los presos. Flores estaba inmovilizado y en cama a consecuencia de un doloroso ataque de gota; pero logró montar a caballo y se enfrentó a la muchedumbre. Luego hizo tender una camilla en las puertas del Cabildo y acostado en ella, daba ordenes y controló la situación.
Por este episodio el Marqués de Loreto le inició un proceso secreto acusándole de una “falsa pacificación del Alto Perú” y escribió al Ministro Gálvez, diciéndole que “no salía responsable de esas provincias sino separaba de la presidencia a Flores” y cuando éste llegó a enterarse de tanta envidia e infamia ya era tarde, pues su reemplazo venía en camino premunido de su condición de sobrino del propio Ministro. Con todo, escribió varias cartas al Virrey de Buenos Aires, defendiéndose de las ridículas acusaciones de que era objeto. Así, por ejemplo, se le achacaba haber recibido en obsequio un exquisito potaje preparado por una familia de los revoltosos de Oruro y a esto contestó diciendo que no por ello había cambiado su manera de gobernar, tratando al pueblo con equidad y cariño. “Todavía tengo de mi parte al pueblo”, terminó en tono amenazador.
En 1785 finalizó su período y fue llamado a presentarse en Buenos Aires donde el Virrey atropelló su dignidad y decoro durante una audiencia, virando las espaldas. Este desaire público desmejoró la salud de Flores, que desde ese instante comenzó a hablar, obsesionado del derecho que tenía de defender su honor, sin querer variar de conversación; hasta que uno de esos días le vino un ahogo (posiblemente un infarto) y así, en medio de la angustia, fue llevado a su cama, de donde ya no se levantaría.
El 3 de agosto de 1786 llamó a un Escribano y dictó su testamento sin poderlo firmar dada su postración física y se preparó a morir, lo que sucedió dos días después, cuando recién contaba cincuenta y tres años de edad, en el convento de San Francisco. Su entierro se realizó en dicho Convento de Buenos Aires, con los honores debidos a su rango, pero no asistió el Virrey ni demás funcionarios. Como no había casado le heredó su hermano mayor, Antonio Flores de Vergara, II Marqués de Miraflores, quien recibió una regular suma de dinero y varias informaciones nobiliarias, posiblemente copias de las que había presentado el difunto, dos años antes, en Madrid, para lograr la concesión del título de Caballero supernumerario de la Real y Distinguida Orden de Carlos III, cuyo hábito vistió en La Plata en 1785.
Por los inventarios de sus libros se conoce que poseía muchos y muy escogidos, sobre todo en lengua francesa, de los prohibidos por la Inquisición. Fue un espíritu fino, de talento claro y amplia cultura racionalista influida por los Enciclopedistas. Como administrador no descuidó los ramos administrativos y hacendario, así como el desarrollo del comercio y la agricultura. Quiso dotar a la Audiencia de Charcas con caminos al mar para terminar con su aislamiento pero no fue secundado en sus planes. Su hermano llevó el juicio hasta la Corte y a la postre obtuvo su total rehabilitación. De presencia gallarda y maneras insinuantes; conciliador y prudente cuanto varonil, franco y generoso.