JEFE DEL BANDO ALMAGRISTA. Nació en Panamá en 1518. Hijo natural del Conquistador Diego de Almagro, nacido en la villa de ese nombre, en Toledo, cuya biografía puede verse en este Diccionario, y de la indígena bautizada como Ana Martínez, su criada. Fue su padrino de bautizo el Conquistador Sebastián de Benalcázar, grande y buen amigo de su padre.
De niño vivió en Panamá y en 1535 fue llevado al Perú y conducido al Cusco para que espere a su padre que había partido en la expedición a Chile. Tenía solamente diez y siete años de edad. Posteriormente ocurrió el rompimiento entre Pizarro y Almagro por que ambos querían al Cusco dentro de su jurisdicción y Almagro el Joven permaneció en rehén en poder de Hernando Pizarro y fue conducido a Lima, pero al llegar a Jauja se encontró con Francisco Pizarro, quien le saludó con afecto y prometió salvar la vida de su padre que acababa de ser derrotado en la batalla de las Salinas.
Pizarro apuró su viaje al Cusco pero llegó demasiado tarde cuando su hermano Hernando había ordenado la ejecución de Almagro el Viejo el 8 de Julio de 1538, aunque varios autores aseguran que no se interesó en salvar la vida de su socio, dejándole a su suerte, para que lo mataran.
Entonces viajó a España Alfonso de Alvarado a defender los derechos de Almagro para que fueran vinculados a su hijo, y al mismo tiempo partió a defender los derechos de Pizarro su hermano Hernando, y en esa pugna pasaron dos años.
Mientras tanto el joven Almagro vivía en Lima en casa de Pizarro, tratado por éste como si fuera su hijo y recibía de la reina su legitimación pues intentaba contraer matrimonio con mujer de calidad, al mismo tiempo se convertía en el centro de reunión de los descontentos y de los vencidos.
En 1540, Pizarro lo expulsó de su casa en Lima con el fin de alejar de ella a sus enemigos, llamados los de Chile, por la expedición realizada a ese país.
El domingo 26 de junio de 1541 Pizarro oyó misa en su casa y estando en compañía de pocas personas, un paje entró corriendo a la Cámara y dio la voz de alarma pues se acercaban numeroso concurso de gente armada. Sus acompañantes salieron a ver qué ocurría y al divisar el tropel de atacantes, corrieron para salvar sus vidas. Pizarro tuvo tiempo de vestir una coraza y logró enfrentarlos, al principio con éxito, pero fue herido en la cabeza con un cántaro, cayó de bruces, recibió otras heridas, hizo una cruz con su sangre, pidió confesión y fue respondido: “Anda a confesarte a los infiernos” y murió.
El joven Almagro se convirtió en el dueño de la ciudad de Lima, donde sus partidarios le proclamaron General del Perú, sembraron el terror entre los vencidos y poco a poco fue acrecentando su ejército con los amigos de su padre, con gente traída por Pedro de Alvarado de Centroamérica y con numerosos aventureros que veían la oportunidad de medrar.
En esto se conoció que había llegado de España el nuevo Gobernador Licenciado Cristóbal Vaca de Castro, quien conocedor del estado de Insurrección que se vivía, iba reuniendo capitanes y ciudades para defender la autoridad del rey.
El 16 de septiembre de 1542 se enfrentaron ambos ejércitos en el llano llamado de Chupas. Almagro el Mozo situó adelante los escuadrones de caballería, uno mandado por él y el otro por el Maestre de Campo Pedro de Oñate. Detrás de ellos fijó dieciséis piezas de artillería a las órdenes del griego Pedro de Candía y al amparo de esta fuerza situó tras de ella a la infantería y a los Capitanes Juan Tello de Sotomayor, Juan de Oña, Martín Bilbao y Diego de Ojeda. Los soldados arcabuceros eran pocos, sumaban quinientos cincuenta.
Los realistas tenían una caballería dividida en dos alas laterales capitaneadas por Pedro Álvarez Holguín, Gómez de Alvarado, Pedro Ansures y Garcilaso de la Vega. Francisco Carvajal era Sargento Mayor de la tropa que sumaba ochocientos soldados.
Al iniciarse la acción algunos hombres de Almagro se pasaron al campo realista. Esta defección fue fatal y aunque se peleó con encarnizamiento, al final triunfaron los leales del nuevo Gobernador. Hubo ciento sesenta muertos y doscientos heridos, algunos de los cuales fueron ejecutados en el campo de batalla por su participación en la muerte de Francisco Pizarro.
El joven Almagro huyó hacia el Cusco con sus más íntimos compañeros. Allí repusieron herrajes y bastimentos y tuvieron que apresurarse a salir para evitar a la vanguardia enemiga, pensando refugiarse en las montañas donde vivía el Inca Manco Cápac, pero fue aprisionado en el valle de Yucay y vuelto al Cusco, donde guardó prisión.
Vaca de Castro le visitó y dado que solo era un joven inexperto de 24 años de edad, hasta pensó en enviarlo a España con partida de registro; pero sabedor que había intentado escapar, lo trasladó a una cárcel más segura y apresuró el proceso que terminó en sentencia de muerte y decapitación en el Cusco, en octubre de ese año. Su cadáver fue enterrado en el convento de la Merced, en el mismo sepulcro de su padre.
Fue valiente y apersonado, con don de mando y deseos de figuración, logró comandar una hueste de gente aventurera e indisciplinada que le abandonó a la hora del enfrentamiento final.