A principios de Julio del 41 se inició la invasión peruana. Clotario Paz, lojano, periodista, político, deportista y socialista domiciliado en Guayaquil, se trasladó inmediatamente a la parroquia Arenillas, para organizar la defensa y reunió a numerosos civiles armados. El día 23 de Julio fué declarado Coronel por las Milicias de Arenillas debido a la ausencia de los altos oficiales del ejército ecuatoriano y como tal recibió el histórico parte de batalla que le envió el Teniente Segundo Vaca Castro, cuando en unión del glorioso batallón Montecristi se retiraba ordenadamente del frente de batalla para salvar a su gente, ante la notable superioridad numérica del enemigo.
Atrincherado en la casa de su hacienda del sitio Rancho Chico creóun frente de resistencia o cuartel general y por varios días resistió el ataque de las primeras avanzadas peruanas, pero ante el peligro de ser rodeados la noche del 24 subrepticiamente lograron huir a las montañas desde donde presenciaron el fusilamiento de cuarenta y dos defensores, el incendio de la casa, el aserrío, la piladora y el saqueo de la valiosa biblioteca. Además, no contento con ello los peruanos se apoderaron de mil ochocientas cabezas de ganado en sus dos haciendas y las llevaron al Perú.
De regreso a Guayaquil, tras un doloro periplo por sendas extraviadas para evadir al enemigo y arribó como un refugiado más, casi en la indigencia, pues lo había perdido toto, aunque en la ciudad aún le quedaba su vivienda chalet y la motonave “Carchi” que hacía viajes a Panamá transportando arDesde mediados de Agosto, mantuvo el programa radial semanal denominado “la Hora sur ecuatoriana” en la radio “El Telégrafo” y acusó al régimen del presidente Arroyo del Río por su criminal inoperancia para defender las fronteras del país. En Septiembre fué electo diputado por Loja. El Gobierno – temeroso de sus denuncias – le impidió la posesión y no pudo concurrir.
EEn Noviembre y con otros izquierdistas reunidos en Quito, figuró entre los fundadores del Movimiento Antifacista de Ecuador bajo la presidencia del Ing. Raymond Meriguet. En Diciembre le nombraron secretario de Prensa y comenzó una ardua labor al lado de Raymont Meriguet, para dar a conocer los crímenes del nazismo en Europa.
En 1.942 fué apresado “por conspirar con los refugiados de Loja y El Oro” y permaneció varios meses detenido en el Panóptico de Quito, donde escribió “Habla el Penado No. 286″ folleto que salió a la circulación en la clandestinidad. Allí consta la admonitiva frase dirigida al Presidente Arroyo del Río.”Tú tienes la fuerza y yo tengo mi pluma” que inmortalizó a Paz. Casi enseguida fue desterrado a Cali con el Dr. Antonio Parra Velasco y Luis Mancheno Tasmayo. En esa ciudad colombiana escribió para el periódico “El Nuevo Día” y luego de varios meses de vicisitudes pudo regresar.
El 23 de Julio de 1.943 falleció su hija Consuelo Paz de Pincay Coronel a causa de fiebre puerperal. Tan trágico acontecimientoa muerte le ocasionó una viva pena y al año siguiente editó el folleto “Consuelo. Guía espiritual para la vida de tres niños” en 33 págs. que dedicó a sus nietos los menores impúberes Sara IYcaza Paz y Alberto y Consuelo Pincay Paz.
Ese año formó parte del grupo “Acción Democrática Ecuatoriana ADE” que dirigió el Dr. Francisco Arízaga Luque y trabajó por la revolución. Después del 28 de mayo de 1.944 se opuso a la entrega del poder a Velasco Ibarra, a quien fustigó desde varios periódicos, recordándole su ideología derechista, sus afanes de mando absoluto y las impertinencias de su carácter. En 1.945 sacó la segunda edición de “Habla el Penado No. 286” en 31 págs. y organizó la Conferencia Económica Nacional que se reunió en Guayaquil para encontrar fórmulas y soluciones a la gravísima crisis económica que vivía el Ecuador desde la caída delos precios internacionales del cacao sumado a la disminución drástica de las cosechas a causa de las pestes desde 1.916. “Vanguardia Revolucionaria” le nombró su Secretario General y el 46 editó “Flores para su tumba” con versos, en el aniversario de la muerte de su hija Consuelo.
Vivía modestamente y del comercio que realizaba a través de su compañía “Comercio y Comisiones Ltda.”.A mediados del mes de Agosto sufrió un agudo ataque de apendicitis que se complicó y el 16 de ese mes murió de peritonitis, a los sesenta y un años de edad, en pleno uso de sus facultades intelectuales. Meses más tarde llegaban a Guayaquil las primeras dosis de penicilina que se conocieron en el país y que le hubieran salvado la vida fácilmente. Hablaba francés, inglés, alemán e italiano. Orador, dominaba a las masas con su bella voz de barítono y su alta estatura, pues medía 1,80 metros.
En política fue un Quijote, en la vida un Deportista y cazador, amigo de sus amigos y váliente y leal con los sagrados intereses de la Patria. Como periodista estuvo entre los más leídos del país en la década de los años 1.930 y 40 y como ideólogo quiso enrumbar a las izquierdas hacia el poder a través de la revolución armada primero y al fracasar en cuatro intentos, formó la agrupación “Vanguardia Revolucionaria Socialista” que fue por entonces la esperanza del pueblo.