Sabido es que a González Suárez siempre le dio por la historia y la arqueología; se sabe que ya investigaba desde cuando se inició como Secretario de monseñor Remigio Estévez de Toral, Obispo de Cuenca, época en que escribió su primer libro “Arqueología de los Cañaris”. Cuando podía se tomaba un descansito para escribir asuntos relacionados con esta ciencia. Así pues, a fines de la década del 80 decidió viajar a Manabí para hacer algunas excavaciones y al llegar a Portoviejo se apresuró a visitar al Dr. Pedro Schumacher, flamante Obispo de aquella diócesis, que lo atendió con mucha cortesía y se interesó por sus aficiones.
Mas, al poco tiempo, al prelado le llegaron cuentos y habladurías de González Suárez, al que los chismosos de Portoviejo acusaban de tener largas tertulias científico políticas con los más notables talentos de Manabí, entre los que no podían faltar algunos liberales radicales y hasta ciertos masones como el Dr. Felicísimo López; de suerte que Schumacher, dejándose llevar de ese espíritu tan intemperante que lo singularizaba, mandó a llamar a González Suárez y en forma poco cortés le pidió que se cambie de domicilio, a la casa del presbítero Vicente Loor, como quien dice para tenerlo vigilado, pues este anciano venerable y de pocas palabras, donde González Suárez no debió sentirse a sus anchas y tanto, que a los pocos días se marchó de regreso a Quito, sin tomarse la molestia de despedirse del señor Obispo, como entonces se estilaba entre sacerdotes. Desde ese instante se rompieron las relaciones entre ambos y quedaron de enemigos.
Poco después comenzaron a editarse en Quito los primeros tomos de la “Historia General del Ecuador”, así como el “Mapa Arqueológico,” todo de González Suárez. Los tres primeros volúmenes fueron recibidos con general beneplácito, pero no sucedió lo mismo con el cuarto, que causó sensación y malestar porque contaba ciertos incidentes poco agradables ocurridos en las comunidades de padres y madres dominicanas de Quito, en los siglos XVII y XVIII, de lo que se hizo eco la prensa liberal de Guayaquil.
Schumacher aprovechó la ocasión y escribió al padre Reginaldo María Duranti, superior de los Dominicanos, incitándolo a replicar y este contrató los servicios del Dr. Pablo Herrera, quien aportó los documentos y escribió un folleto titulado: “La veracidad del Sr. Dr. Federico González Suárez, en orden a ciertos hechos referidos en el Tomo IV de su Historia General”, aparecido bajo la firma del padre Duranti, en la imprenta de la Orden Dominicana, con autorización del Provincial fray José María Magalli.
Se había entablado la polémica y mal la hubiera pasado González Suárez de no haber coincidido este asunto meramente histórico con el negociado de la venta de la bandera, ocurrido entre el Cónsul General del Ecuador en Valparaíso Sr. Noguera y el gobierno de Chile, que necesitaba de nuestra bandera para traspasar su goleta de guerra “Esmeraldas” al Imperio del Japón sin necesidad de romper la neutralidad que había declarado en el conflicto militar que ésta nación sostenía con China.
El incidente de la bandera trajo como consecuencia en Abril de 1.895 la caída del régimen progresista del presidente Luis Cordero y a la larga la reacción armada de los grupos revolucionarios y el ascenso al gobierno del Partido Liberal. Mientras tanto Schumacher había abandonado su diócesis de Manabí y fugado a Quito junto al Regimiento Cuarto de Línea, provocandose en el trayecto el incendio de la población de Calceta. En la capital fue recibido con Arcos de triunfo y ante el avance de las fuerzas de Alfaro, que acababan de vencer en Gatazo, emigró a la población de Samaniego en el sur de Colombia, donde siguió organizando la resistencia conservadora por algunos años y murió de tifus exantemático a principios de este siglo.
Mientras tanto González Suárez había tenido que salir de Quito para escribir “Defensa de mi criterio histórico” y fue electo Obispo de la Diócesis de Ibarra. Las guerrillas conservadoras del centro y sur de la República se habían levantado en armas en 1896 y amenazaban destruir el gobierno de Alfaro, que tomó medidas de represión y expulsó del país a numerosos sacerdotes extranjeros por habérseles comprobado su participación activa en dichos movimientos subversivos. A los padres dominicanos La Cámara y Duranti, de nacionalidad italiana, se los condujo a la costa para su deportación. Tal el fin del padre Duranti como misionero en el Ecuador.