El 24 de septiembre de l.860 García Moreno y Flores tomaron militarmente Guayaquil, Pedro Carbo pudo retornar de su exilio en Lima y aceptó el desempeño de la Gobernación del Guayas, convocó a elecciones, salió pero no concurrió a la Convención en protesta contra el autoritarismo de García Moreno que ya se hacía presente en los primeros actos de su gobierno, renunció y fue reemplazado por José Antonio Gómez Valverde.
El Presidente García Moreno le empezó a tener como opositor, a él y a su círculo, que llamó los Provincionalistas, por una hoja suelta publicada en Guayaquil con el título de “Abstención”, dada la constante intromisión del régimen en el proceso de elección de los diputados.
Carbo se había constituido en el líder de Guayaquil, educando a su población en la buena doctrina sin salir de los límites de la iglesia católica. Por eso Elías Muñoz Vicuña ha calificado esta etapa de la vida de Carbo como constructiva para Guayaquil y profundamente ideológica para el Ecuador.
En 1.862 fue electo en votación popular para las funciones de presidente del Concejo Cantonal y en los años posteriores le reeligieron por dos ocasiones y actuó hasta 1.864.
El 19 de abril del 62 García Moreno había realizado el canje de ratificaciones del Concordato que acababa de celebrar él – a modo personal – con la Santa Sede, mediante misa pontifical de acción de gracias celebrada por el Arzobispo de Quito y oración laudatoria a cargo del padre Francisco Xavier Hernáez, S. J.
Carbo se alarmó ante este retroceso ideológico del país y logró que a mediados de Mayo nuestra Municipalidad publique en la Gaceta una “Exposición de Protesta contra la suscripción del Concordato entre el Gobierno Nacional y la Santa Sede” elaborada por el propio Carbo, pidiendo al Congreso del Ecuador que desapruebe “un pacto tan contrario a los imprescriptibles derechos de la República y en tan abierto antagonismo con el espíritu liberal y civilizador del siglo actual,” a más que el Presidente de la República no tenía la facultad para hacerlo, así se lo hubiera autorizado el Congreso, pues la aprobación de los Tratados es una facultad indelegable.
Su Exposición de Protesta sostiene que la República se fundamenta en la soberanía del pueblo, asegurando a los ciudadanos sus derechos imprescriptibles tales como el de la vida, la libertad, la propiedad y la igualdad ante la Ley. Que la República no tiene ningún poder superior a ella y que toda tentativa de establecer lo contrario es un ataque a su soberanía.
Plantea la historia de la Iglesia Católica desde las raíces del cristianismo cuando los apóstoles vivían sometidos a los príncipes paganos y a las autoridades establecidas sin que jamás hayan osado disputar sus prerrogativas, pasando por la forma de elegir a sus pastores, acto en que el pueblo tenía el derecho a rechazarlos. Analiza la época en que la Iglesia colmada de honores tenía la protección de los Príncipes cuando el pueblo quedó privado de elegir a sus párrocos, y termina mencionando todos los Concilios celebrados hasta la fecha del Concordato.
Llamado tan civilizado a la cordura despertó en el país la ira de los fanáticos que calificaron a su autor de hereje y cismático y con otros epítetos y hasta los demás miembros del Concejo Cantonal de Guayaquil empezaron a sufrir la presión de los intemperantes.
Dos Pastorales se lanzaron contra el Concejo Cantonal, una del Arzobispo de Quito y otra del Canónigo Carlos Alberto Marriot Saavedra, Secretario particular del Obispo de Guayaquil, José Tomás de Aguirre Anzoátegui, que tuvo la simpleza de firmar el opúsculo titulado “El señor Pedro Carbo, desmentido por sí mismo” en 80 págs. folleto que causó sensación y fue leído hasta en la capital cuando era público que sus escasas luces no le daban para tanto.
Carbo no podía quedarse atrás y replicó con “La República y la Iglesia y defensa de la Exposición del Concejo Cantonal de Guayaquil sobre la inconstitucionalidad del Concordato celebrado entre el Presidente del Ecuador y la Santa Sede” en 66 págs. donde dice que “se cierne sobre la República la sombra de un inmenso hábito negro” y del Concordato asegura que “pone al Ecuador a los pies de la silla romana”, sin embargo, es menester aclarar, que el autor de la parte jurídica de este segundo folleto fue el Dr. Francisco Xavier Aguirre Abad, corriendo a cargo de Pedro Carbo lo polémico e histórico.
Entonces surgieron muchos compatriotas para defender o atacar el Concordato que entregaba el diezmo a la Iglesia, es decir, el diez por ciento de las cosechas anuales, así como la dirección de los centros de educación a la Compañía de Jesús, establecía la censura en la importación de libros, etc. La prensa sudamericana concedió una gran importancia al asunto y la figura de Carbo adquirió características internacionales, pues, en medio de la vorágine, sin ser ateo ni agnóstico y mucho menos anticatólico, pasaba por todo ello ante el común de las gentes. En cambio, él solía llamarse con mucha gracia, en frase que hizo famosa “católico, apostólico, pero no romano, porque romanos son los gatos,” refiriendose a unos gatos gordos y de franjas anaranjadas hasta hace pocos años muy comunes en nuestra ciudad, pero lo que afirmaba entre comillas es que antes que todo, incluso que católico, era ecuatoriano.
A pesar de la Protesta de la Municipalidad sobre la inconstitucionalidad del Concordato, fue puesto en vigencia con grave escándalo nacional. Los sectores cultos y progresistas del país vieron en el horizonte político el inicio de una teocracia retrógrada y oscurantista, propia del medioevo, cuando la Iglesia Católica dominaba a los estados.