El niño Francisco de Paula Vigil descolló en los estudios desde sus primeros años, por eso sus padres le metieron al Seminario San Jerónimo de Arequipa en el Perú cuando solo tenía once de edad en 1.803 y tuvo de maestro al insigne sacerdote Francisco Javier de Luna Pizarro, que tantas glorias cosecharía como líder del partido antibolivariano y eximio orador en los Congresos republicanos
El conocimiento de las ideas avanzadas le fue formando un joven rebelde, intranquilo, patriota y ávido de lograr reformas sociales y políticas, así como respetuoso como nadie de las libertades públicas, consagrándose antes de los veinte años a la enseñanza de la juventud por sus ideas independentistas.
En 1.825 fue elegido Diputado por Arica y viajó a Lima, oponiéndose al año siguiente, en la Junta preparatoria del Congreso del 26, a la dictadura vitalicia del Libertador, por considerarla contraria y afrentosa a los principios democráticos de una República americana. Por eso fue desterrado. En aquella memorable asamblea del 26 sorprendió votando contra la implantación del catolicismo como religión oficial del Perú. Se escandalizaron todos porque Vigil era eclesiástico y ganó fama de excéntrico por su respeto al pluralismo ideológico, viviendo en una sociedad atrasada, gazmoña, casi estúpida.
En 1.832 ocupó la presidencia del Congreso y en la sesión del día 8 de noviembre, mientras se discutía acaloradamente la acusación constitucional contra el Presidente Agustín Gamarra, abandonó el estrado, bajó a la tribuna y empezó a hablar con ademán tranquilo, continente reposado y voz suave su más famoso discurso que la historia ha titulado YO DEBO ACUSAR, YO ACUSO.
Esta es una discusión que deberá contarse entre los progresos del sistema americano. El ejecutivo ha decretado la expulsión sin previo juicio del ciudadano Jaramillo. Ha deportado a un legislador y por orden suya se ha asaltado el sagrado depósito de una imprenta. Los cargos son graves y la Constitución impone el deber ineluctable de acusar. Tengo que distinguir entre la dignidad de la función y la debilidad del hombre que la desempeña. Yo entiendo que el magistrado no obra mal porque él es obra de las leyes, el que se sobrepone a ellas es el hombre y ese hombre, en tal caso, es un tirano y decid entonces que lo rodean el terror y el despotismo, pero no le deis el nombre de respetabilidad, porque la respetabilidad no puede nacer de la infracción de la ley. ¿Y si cae el gobernante se alterará la paz? I yo pregunto a mi vez ¿Puede haber paz en el desorden? Cristo no vino a traer la paz sino la guerra porque el señor trajo una buena guerra para romper una mala paz. Se habla de la humana imperfección como excusa del incumplimiento de la ley, porque los hombres son lo que son, se han hecho las leyes para que sean lo que deben ser. Se anuncia el caos pero los males del presente nada tienen que envidiar a los horrores que se preveen para el porvenir. Si se nos objeta la sangre y el terror de la anarquía, objetaremos la sangre y el terror del despotismo, a más de la ignominia. La nación nos está mirando en este instante y aguarda nuestra resolución para cubrirnos de gloria o de ignominia sempiterna. Yo debo acusar, yo acuso, para que sepa mi Patria y sepan también todos los pueblos libres, que cuando se trató de acusar al ejecutivo por haber infringido la Constitución, el Diputado Vigil dijo: ¡Yo debo acusar, yo acuso!
Creía en la validez del pacto social (Constitución) como medio para alcanzar la dicha y felicidad del género humano y por eso tenía todo el candor de los Enciclopedistas franceses, de allí su indignación de liberal del siglo XVIII ante el ataque a las garantías individuales, consideraba sagrado al recinto de una imprenta y luchaba contra las barreras que impedían la felicidad en su tiempo (bregó por abolir el celibato eclesiástico y por implantar el matrimonio civil entre los ciudadanos no católicos pues aún no existía el matrimonio Civil)
Con este discurso maravilloso, calificado de Catilinaria genial, se ubicó entre los primeros repúblicos del continente americano. Ya era considerado el más grande adalid de las nacientes democracias, su fama había rebasado con holgura las fronteras de su país, gozaba de popularidad en Guayaquil por la reproducción periodística de sus discursos y sermones y cuando los extranjeros estaban de paso por Lima, iban a buscarle para escuchar sus lecciones de civismo.
En 1.834, visiblemente notorio y consagrado como el abanderado en la defensa de la libertad y la Constitución, redactó el periódico “El Genio del Rimac”, órgano del partido liberal y reformista en el apogeo de los años de la anarquía y el caudillismo generadores de los trastornos que ensangrentaron su país por casi doce años. En 1.836 le hicieron Director de la Biblioteca Nacional. En 1.847 ayudó a bien morir a su amigo Vicente Rocafuerte, quien le tenía por “el sacerdote más digno y más sabio del Perú.”
En 1.864 protestó por la invasión de Napoleón III a México y por la injusta agresión de España al Perú y mantuvo polémicas con el guayaquileño José Ignacio Moreno, Arcediano de la Catedral de Lima, tío abuelo de García Moreno y autor de “La Supremacía del Papa” y “Cartas peruanas”, defensas a ultranza de anacrónicas doctrinas.
Protegió a nuestra paisana Rosita Campuzano, conocida como la Protectora por sus amores con el Libertador José de San Martín. Ella, dada su pobreza, abandono y ancianidad, moraba frugalmente en dos cuartitos que el gentil e inteligente Vigil le había cedido para vivienda en el edificio de la biblioteca, donde falleció anciana y llena de achaques. Con el joven Eloy Alfaro tuvo buena y larga amistad y hasta le proveyó de documentos para que Nicolás Augusto González Tola escriba sobre el asesinato de Sucre. Otro aspecto interesante y que aún no ha sido estudiado es la enorme influencia que mantuvo sobre su amigo personal Pedro Carbo.
Murió en Lima el 9 de junio de 1.875, de ochenta y dos años, de consunción (tuberculosis) A su velatorio concurrió tal cantidad de público que se desplomó el balcón de madera de su casa y hasta hubo varios contusos, pero ninguno de gravedad, dada la poca altura de los edificios antiguos. El sepelio no se quedó atrás y varias calles se llenaron de público.
En 1.957 el Papa levantó su excomunión, tan injusta como vejatoria medida que no calificaremos de sanción porque en realidad no lo es, dado que solo comulga el que le da la regalada gana, dio lugar a que el timorato gobierno peruano dispusiera honores y el traslado de los restos mortales a su ciudad natal y otra vez se arremolinó la multitud en el camposanto y al abrirse la tumba en Lima ¡Oh sorpresa¡ el cadáver estaba cubierto de insignias masónicas por su grado 33, como correspondía a su altísima categoría intelectual, cultural y humana.
Fue amigo de Rocafuerte, Carbo y Alfaro se declararon sus admiradores. Protegió a Rosita Campuzano. Polemizó con José Ignacio Moreno tio abuelo de García Moreno.