Este abandono dio lugar a multitud de excesos de parte de los llamados colonos y aún del Gobernador interino Sánchez Rubio, que mató con su propia espada al joven Mus, acogiendo las calumnias de uno de los más insignes malhechores, que había sido deportado a la isla. Entretanto se había acercado Flores a poco más de una milla de la ciudad, fuera del tiro de cañón, sin que nadie lo molestara. El Gobierno estaba preparando dos buques de vela para batirlo; pero fue tal la neglågencia en estos aprestos, que los buques no pudieron servir oportunamente. Flores por su parte, hizo que el 4 de Julio el vapor Chile y el Bergatín Almiran te Blanco, baties en la fortaleza de Saraguro, que estaba en completo abandono, pues su jefe el Comandante Sánchez Rubio, aquel mismo de que se ha hablado como Gobernador Interino de las islas Floreanas, dormía tranquilamente en su casa. Los buques de Flores no sufrieron ningún daño grave. En la plaza perecieron la mujer del Comandante Patiño y el Español Reina, que desde su balcón presenciaba el combate, esperando el triunfo de Flores de quien era entusiasta partidario.
