Con la llegada desde Lima del Delegado Apostólico, Monseñor Macchi, enviado por el Vaticano para finiquitar la controvertida cuestión del Dezmo Apostólico por algún tiempo, aprovecharon distinguidos ciudadanos como los Gómez, Morlás, Icaza, Seminarios, Elizalde a la sustitución del Diezmo, y atribuían a la oposición de políticos intransigentes, enemigos del Presidente Flores, los obstáculos que se presentaban para dicha sustitución del impuesto destinado al Culco. Monseñor Machi pasó a Quito y presento sus credenciales el 1° de Julio de 1889. Tuvo en su discurso frases de elogio hará la “sabia y distinguida persona del Presidente al que su Santidad León XIII enviaba una especial bendición”.
Para la llegada del Delegado Apostólico resolvieron reunirse los Obispos de la Republica, con satisfacción del Presidente Dr. Flores.
En las negociaciones entabladas, el Presidente ofreció cambiar el Diezmo por un impuesto directo del 3 por mil sobre el valor de las propiedades territoriales. Se había hecho el computo respectivo, y este gravamen mas general y científico alcanzaba perfectamente a cubrir los presupuestos de las Diócesis, etc.
El Presidente tuvo que ir a Guayaquil para asistir a la inauguración de la estatua del Libertador Bolívar y, por este motivo se suspendieron las negociaciones. A su regreso a Quito el 13 de Septiembre, después de una gira por Manabí en donde dicen los diarios recibió “Una ovación interrumpida” reanudo as conversaciones con Monseñor Macchi con quien finalmente llego a un definitivo acuerdo. Al cabo de 5 años, la habilidad diplomática, la Tenacidad y constancia del Dr. Flores lograron vencer la oposición de una parte del Clero y del partido conservador Alentaba la generosa, benévola actitud del gran Pontífice, representado por el inteligente Delegado Apostólico. Logro, pues, la victoria; y el 6 de Noviembre de 1889 pudo Flores dar el Decreto, refrendado por su Ministro de Hacienda Don Gabriel Jesús Núñez.
Firmaron de varios acuerdos complementarios, reglamentos para la recaudación del nuevo impuesto sustitutivo y convenios para cubrir los presupuestos eclesiásticos, para el caso en que hubiere un déficit con el gravamen del 3 por mil.
