CRONISTA Y ANTROPOLOGO.- Nació en la población de Lopera, Obispado de Jaén, España, en 1580 y fue bautizado el 36 de Noviembre de ese año como hijo legítimo de Juan Cobo y Catalina de Peralta. Tras el fallecimiento de su padre en 1596 marchó a las Indias de solamente dieciséis años, arribó a la Isla de Santo Domingo lleno de una gran curiosidad por todo lo nuevo pues al día siguiente comenzó a excursionar a los campos y a las vegas de la Yaguana “trabando amistad con los naranjos y las palmas”, según expresión poética suya.
En 1507 continuó a Cartagena de Indias atraído por la leyenda del Dorado, gastando buena parte de ese tiempo en viajes y aventuras que no le rindieron frutos económicos.. Tres años después continuó al Perú. En el trayecto conoció casualmente al padre Esteban Páez, de la Compañía de Jesús, quien le ofreció una beca para estudiar en el Real Colegio de San Martín como fámulo, es decir, como sirviente. Allí permaneció desde 1599 hasta 1601 pues el 14 de Octubre de ese año inició el noviciado con el padre Rodrigo de Cabredo en el Colegio de San Pablo, para continuar en el Colegio del Cusco, donde aprendió el idioma quechua y fue amigo y confidente de Alonso Topa Atau, descendiente de Huayna Capac, quien le puso en contacto con los principales quipo camayos de la región lectores de Quipos) que le entregaron informes sobre el pasado del imperio de los Incas.
Ordenado Sacerdote en el Cusco, trabajó brevemente como Lector en el Colegio de San Martín. En 1615 fue destinado a la misión de Juli. En 1618 recorrió la Audiencia de Charcas, estuvo en Potosí, Cochabamba y La Paz, aprendió el aymará. El 19 fue nombrado Rector del Colegio de Arequipa. El 22 hizo los Votos religiosos. El 26 fue trasladado a Pisco. El 29 obtuvo Licencia para viajar a México a fin de completar una colosal Historia que estaba escribiendo, en la que trataba del entorno andino, con descripciones de numerosas especies útiles. El 30 ejerció la dirección del Colegio del Callao y el 31 realizó su programado viaje. Ya para entonces se le consideraba uno de los más importantes sacerdotes jesuitas del Perú por la vastedad de sus conocimientos y por la forma moderna de su pensamiento.
En México estudió la flora y fauna pues era un naturalista que se interesaba en conocer y describir todo cuanto le rodeaba y recién a principios de 1638 regresó al Perú y al poco tiempo, merced a sus contactos con los indígenas de la región de Malacatos en la provincia de Loja, descubrió el árbol de la quina, cuya corteza reducida a polvos y aplicados a los enfermos de malaria o paludismo, sanaban dicha dolencia. La planta recibió el nombre de Chinchona en honor a la Condesa de Chinchón esposa del Virrey del Perú, que fue la primera persona enferma que se benefició con el nuevo tratamiento. En Lima fue por un tiempo confesor de Santa Rosa. Era considerado un erudito, de los más expertos conocedores de los seres y las plantas, había concebido la idea de publicar la “Historia del Nuevo Mundo” dentro de un vasto plan que abarcaba la descripción minuciosa de todos los reinos de la naturaleza y el pasado del hombre americano, los descubrimientos, conquista e inicios del coloniaje español.
Para cumplir un trabajo tan ambicioso solía entrar en contacto con los más antiguos indios de cada región, a quienes averiguaba toda noticia. Igual hacía con los descendientes de los conquistadores, de suerte que su obra – que dividió en tres partes – fue tomando cuerpo con experimentaciones y observaciones sobre fenómenos climáticos, metereológicos, volcánicos, durante años de prolijos trabajos efectuados con toda seriedad.
La primera parte trata del aspecto del Nuevo Mundo y de sus especies vegetales y animales en catorce libros. La segunda es propiamente histórica, en quince libros, pero no ha llegado completa hasta nosotros y estuvo dedicada casi exclusivamente a la Nueva España (México) de la Tercera no se tiene noticias aunque se conoce que contenía catorce libros.
En la Biblioteca de la Universidad de Sevilla se conserva la primera parte en 586 hojas en cuarto. También escribió la “Historia de la Fundación de Lima” compuesta de tres libros que van hasta 1636 y forman otros tantos capítulos de la segunda parte de su Historia. Esta obra es importante pues trae numerosa información que no consta en las actas de Cabildo y se compone de 208 págs. y 5 hojas preliminares, más 9 de Indice, todo en cuarto.
En 1653 firmó y fechó el Prólogo y envió a España las tres partes, donde se extraviaron. Falleció en Lima el 9 de Octubre de 1657 a los setenta y siete años de edad y sesenta y uno de haber pasado a América.
Aunque el botánico valenciano Antonio José Cavanilles publicó fragmentos de la obra de Cobo en 1804 en Madrid con grandes elogios y hasta le dio el nombre de “Cobocea” a una nueva planta mexicana del género de los jazmines, correspondió al ilustre americanista Marco Jiménez de la Espada dar a conocer los catorce capítulos en que se divide la Primera Parte de la “Historia del Nuevo Mundo”, hallada en 1.880 en la biblioteca de la iglesia de San Ocasio de Sevilla en 586 hojas en cuarto y está fechado en 1653. Este primer volumen se editó en esa ciudad dividido en cuatro tomos ilustrados y con anotaciones, entre 1890 y el 93. En 1882 salió la “Historia de la Fundación de Lima” impresa por Manuel González de la Rosa en la capital del Perú.
El Padre Cobo está considerado un profundo conocedor de las cosas de América y con el Padre José Acosta figura entre los mayores exponentes de la ilustración española en América por cuanto tuvo ideas originales, fruto de sus observaciones y experiencias, razonadas libremente, sin atenerse a las clásicas concepciones escolásticas. Por eso se le ha llamado un escritor moderno, pues su pensamiento rompió esquemas y se adelantó a su tiempo.
La Historia del Nuevo Mundo contiene toda clase de noticias con anticipaciones científicas y bellas descripciones de los animales, frutos y productos. Al tratar sobre la vegetación, la divide por andenes en razón de la altura, factor que la modifica al igual que el frío y el calor. Cada uno de estos andenes o pisos se distingue por tener especies propias. El superior solo produce la paja del páramo, el segundo da papas, ocas, mellocos, chochos, quinua, el tercero maíz, lino, el cuarto árboles frutales como en España, el quinto árboles que requieren más calor y el sexto a nivel del mar entrega plátanos, naranjas, dátiles, melones. Esta clasificación se adelantó en dos siglos a la que haría Humboldt cuando arribó a Sudamérica. Guillermo Lohmann Villena ha comprobado que el padre Cobo para componer buena parte de su Historia consultó la Crónica de Pedro Pizarro y los manuscritos del franciscano Landa.
Luís Alberto Sánchez ha opinado que se hace necesario leerle para poder entender la forma de actuar de los indios y españoles, pues fue un escritor renacentista en su forma de pensar y raramente americanizado en sus exposiciones, aparte que todo lo suyo tuvo siempre una noble expresión literaria sin perder el estilo directo, la locución es clara y sencilla aunque sin mayores pretensiones. Por ello su extensa obra debe ser considerado el testimonio más acabado de un científico del siglo XVII.