El primero fue don Blas Aguirre de Ugarte, quien trabajó de contador de la Caja Real de Flandes y luego vino a Loja, con el cargo de contador de la Real Caja de esta ciuadad, hacia 1580. No se sabe quienes fueron sus padres ni quienes hayan sido sus hijos; pero parece que dejó su descendencia en el pueblo de Santiago, casándose, sin duda, con una caciquesa, pues, el 24 de Julio de 1709, nos hallamos con la sorpresa que el cacique de Santiago era don Blas Aguirre. Por otra parte en 1742, figura en un testamento la India de Santiago, Pascuala Aguirre. Esto desde luego debe probarse mediante una investigación prolija en los libros bautismales de Santiago.
El segundo Aguirre que llegó a Loja, hacia 1688, fue don Francisco de Aguirre Mendiaras y Vidaurre, natural del señorío de Vizcaya. Casó con la lojana doña Magdalena de Robles Garnica, hija de don Sebastián de Ojeda, natural del señorío de Vizcaya, y de doña, Antonia Garnica, vecina y natural de Loja. Tuvieron por hijos legítimos a don Antonio Sixto, a don Toribio, a doña Eusebia, a doña Antonia, a doña Mariana y a don Francisco Marcelo, quien murió a los seis años de edad.
Doña Eusebia casó con el capitán don Pedro de Rojas. Fue su hija doña Francisca Ana, baurizada el 28 de Julio de 1714.
Doña Mariana casó con el capitán Domingo Samaniego.
Fueron sus hijos: Bernarda, Faustina, Manuel, Vicente, Javier y una segunda Faustina, bautizada el 22 de Abril de 1722.
Don Toribio casó con doña Basilia Frías de Miranda, natural de Cuenca, hija del capitán don Manuel Frías de Miranda, natural de la villa de Torrejón y de doña María Tinoco del Mercado, vecina de Loja. Tuvieron por hijos a Pelayo, a Sancho; religiosa de la Concepción en Loja; a Zara, mujer de don Miguel Carrión y Vaca; a Teodomira, esposa de don José Hermógenes de Ojeda; a Laurencia, mujer del Alférez don Manuel de Riofrío y Peralta; a don Tirso; a don Serafino de Aguirre, quien era Regidor y Alguacil Mayor del Ayuntamiento, quien casó con doña Lucinda Briceño; y a don Graciliano, casado con doña Juana Celi Mendoza.
A esta línea perteneció don Manuel Aguirre Espinosa, cuya partida de nacimiento no se halla todavía. Casó en Loja con doña Gregoria Ludeña y Losano, el 8 de agosto de 1795. Fue su hijo, entre otros, don José María Aguirre, quien casó con doña Agueda Losano, bautizada en Cariamanga el 2 de febrero de 1820, hija legítima de don José Losano y de doña María de las Mercedes Piedra.
Fueron sus hijos: Bárbara Agustina, casada con don Miguel Palacios; Jerónico Agustín; Zoilo, quien casó con doña Agueda Palacio; Rosa Elvira, casada con don José María Flores; José María; Genara Genoveva, casada con Darío Samaniego, María Emilia, quien casó con el Dr. Miguel Sánchez González, Francisco Javier; Gertrudis, nacida en 1860, casada con el Dr. Leopoldo Moreno.
Hijos de doña Emilia Aguirre Losano y del Dr. Miguel Sánchez fueron: Carlos ALberto, Isabel, José Antonio, Victoria Isabel, Miguel Federico Luis, Eloísa Josefina Rosario y Agueda Emilia.
Doña Isabel Sánchez Aguirre casó con el Dr. Abelardo Aguirre Jaramillo, hacia 1889.
El tercer Aguirre llegado a Loja fue don Juan Antonio Aguirre de Dicastillo, natural de la ciudad de Vitoria, hijo de don Juan Javier Aguirre y Ugalde y de doña Catalina de Dicastillo Echalecu, naturales de Victoria.
LLegó a Loja siendo mancebo, con una capa al hombro y sin otros bienes de fortuna.
Parece que fue un jóven que huyó de su casa y vino a dar a Loja. Al poco tiempo le hicieron casar con una rica heredera, doña Gertrudis de Alvarado. Fueron sus hijos: María, Victoria; Custodia Rita, Juan Manuel, Joseph Cayetano, Juana Basilia, Juan Orensio Fermín y Domingo.
Muerta su primera esposa, se casó en segundas nupcias con doña Francisca Torres Conde, el 10 de abril de 1718.
Fueron sus hijos: Tomás José, Isidora, Micaela Constantina, Juana Francisca, Juan Pedro Pablo, Leonor Tadea, Prudencia, Josefa y María Liberata.
Don Juan Antonio Aguirre de Dicastillo testó en 1742 y existe su testamento en la Notaría Primera de Loja.
Hijo de don Tomás Aguirre Torres Conde y de doña María de Ureña fue don Joseph de Aguirre. Don Joseph Aguirre y Ureña casó con doña Polonia Suárez y Ramírez. Fue su hijo, entre otros, Ramón Aguirre, bautizado el 1º de septiembre de 1777.
El Regidor Ramón Aguirre casó con doña Gregoria Carrión y Rodríguez, hija de Martín Javier Carrión Irrazábal y de doña Antonia Rodríguez de Córdova. Hijo suyo el Dr. Manuel José Aguirre Carrión, Gobernador de Loja bautizado el 22 de octubre de 1831.
El Dr. Manuel José Aguirre Carrión casó con doña Adela Jaramillo Castillo, Tuvo por hiijos a los doctores Manuel y Abelardo Benjamín Aguirre Jaramillo.
El Dr. Manuel Aguirre Jaramillo fue el primero que instaló un ingenio azucarero en Malacatos en su hacienda La Trinidad. Casó con doña Rosa Adriana Bermeo, siendo su hija doña Adela Aguirre Bermeo, casada con el Dr. José Miguel Carrión Mora, siendo sus hijos: Alejandro, Carlos, Adriana, Victoria, Rosa y Esperanza Carrión Aguirre.
El Dr. Abelardo Benjamín Aguirre Jaramillo fue bautizado el 23 de junio de 1863.
Casó con doña Isabel Sánchez Aguirre.
Sus hijos: Margarita Isabel bautizada el 19 de abril de 1890; Hontensia, bautizada el 26 de jujlio de 1891; Elvira; Miguel Angel Benjamín, fallecido de niño; Abelardo; Manuel José; Isabel María Rosario; Rosa Emilia Catalina; Miguel Angel; Lucrecia María; Carlos Alberto; Eduardo Vicente; Víctor Alfonso, bautizado el 1º de octubre de 1912; Augusto; Julio Eduardo; María, y Mariana, bautizada en 1918.
El coronel Abelardo Aguirre Sánchez casó con doña Micaela Castillo. Son Sus hijos: Dolores, Fanny y Dr. Abelardo Aguirre Castillo. El Dr. Manuel José Aguirre Sánchez casó con doña Rosadelia Asanza. Son sus hijos: Bertha, casada con el Dr. Tomás Aguirre Ruiz; Manuel actual Cónsul del Ecuador en Medellín; general Carlos Enrique Aguirre A., Ministro de Relaciones Exteriores; Ing. Jorge Aguirre A.; Enma Gloria y Piedad Auirre Azansa, casadas.
Doña Rosa Aguirre Sánchez casó en primeras nupcias con don César Anda Rumazo. Sus hijos: doña Amelia Isabel, casada con el Dr. Eduardo Mera Moreno; Dr. Alfonso Darío; doña María Piedad; y general Vicente Anda Aguirre, ex Ministro de Educación. En segundas nupcias casó con el coronel Angel Obdulio Serrano. Sus hijos: Dr. Angel y doña Isabel Serrano Aguirre.
El Dr. Miguel Angel Aguirre Sánchez casó con doña Vicenta Apolo. Son sus hijos; Mayor Carlos Alberto, Dr. Marco, Laura, Guillermina y Miguel Angel Aguirre Apolo.
Doña Lucrecia Aguirre casó con el Dr. Manuel Unda. Son sus hijos: Dr. Edgar, Margot, Owaldo, capitán Hugo y Gladys.
El Dr. Víctor Alfonso Aguirre casó con doña Zoila Piedra. Son sus hijos: Ing. Alberto, Lorgia, Esperanza, Ing. Gustavo, Olga, Gonzalo, Ana, Rosa y Alfonso Aguirre Piedra.
Don Augusto Aguirre Sánchez casó con doña Clotide Salazar. Sus hjos: Miguel, Sadie y Augusto Aguirre Salazar.
Doña María Aguirre Sánchez casó en Cuenca con don Jorge González Cazorla. Son sus hijos: Iván, Isabel y Patricia González Aguirre.