Recibido Sucre en Quito, triunfante, obtiene en seguida la adhesión entusiasta a la República de Colombia.
Gobierna Sucre el Departamento Libertador con éxito admirable. Más, prosigue la campaña; Pasto se pronuncia por la causa real, pocos días después de la capitulación de García; y Sucre marcha sobre los realistas combatiendo con éxito variable en la cuchilla de Taindala, el 24 de Noviembre y el 23 de Diciembre de 1822.
En la tarde del propio día 23 de Diciembre, triunfa sobre las fuerzas realistas de Benito Boves, en Yacuanquer, destruyéndose al día siguiente, en las alturas de Pasto, y dando término aquella terrible insurrección.
Resuelta la participación y el auxilio colombiano para libertar al Perú, Sucre es nombrado Ministro Plenipotenciario de Colombia en Lima, a la vez que Jefe de las tropas auxiliares (6.000 hombres) que, a órdenes del General Valdez, marcharon al Perú.
Sucre llega a Lima, a principios de mayo de 1823. Por decisión del Congreso del Perú, toma el mando en Jefe de las tropas republicanas. Abandona Lima y se retira al Callao. Impone su prestigio ante las facciones políticas que se debatían en la lucha inmisericorde, sin respetar la situación del país ante el Ejército español; y sale a campaña a proteger a Santa Cruz, amenazado por las fuerzas realistas, superiores en número.
Sucre invita a Santa Cruz a obrar de consuno, pero el orgulloso Jefe rehúsa el auxilio que se le ofrece, para reclamarlo pocas horas después, Sucre, generoso, se apresta a protegerlo, pero ya era tarde: el Ejército de Santa Cruz estaba destruído y Sucre amenazado por todo el Ejército español.
Sucre avanza a Puno, en contramarcha hacia Arequipa y el 8 de Octubre abandona la ciudad, para embarcarse en Quilca el día 20, con dirección a Pisco, protegido ligeramente por la heroica Caballería del General Miller.
Sucre marcha a Lima, conferencia con el Libertador Bolívar y luego reembarca las tropas para tomar tierra hacia el Norte.
Sucre recibe del Libertador la misión de llevar la guerra al corazón del Perú. Concentra sus fuerzas en Huaylas, donde las reorganiza; y con 10.000 hombres, emprende la marcha hacia las alturas de Los Andes, atravesando regiones escabrosas, sin recursos y sin caminos.
Con Sucre marcha el Libertador, que le nombró su Jefe del Estado Mayor General. Sucre protege su atrevida marcha por una cortina de caballería, realizando una sorpresa estratégica, modelo en su género.
Sucre da en aquella terrible marcha muestras de relevante genio. Sus soldados, en aquellos desiertos, encuentran en las rocas pan y abrigo; y así se salva el gran Ejército al cual Bolívar, con orgullo, le pasa Revista en las llanuras del Diezmo, el 2 de Agosto de 1823; 4 días después, se libra la singular batalla de las caballerías en Junín. Triunfa con Sucre la caballería republicana. El Ejército no disparó un tiro.
Después de la victoria de Junín, Sucre, con instrucciones precisas, asume el mando del Ejército republicano.
Sucre se estaciona en el triángulo Lichivilca – Lambrama – Circa, orillando el río Oropesa.
La Serna, Jefe español, se moviliza sobre el flanco derecho del Ejército del Libertador. Sucre se retira a Pichirhua y Andahuaylas.
El Ejército republicano realiza entonces una marcha asombrosa, por los páramos andinos, desprovisto de todo recurso.
Sucre avanza siguiendo a La Serna, y al cabo de una serie de marchas y contramarchas, librando pasos peligrosos con sumo éxito, cae con sus divisiones en la emboscada de la quebrada de Corpahuaico. La intrepidez de las divisiones Córdova, Valdez, La Mar y Lara y de la gloriosa caballería de Miller, salvan al Ejército, con el heroico sacrificio del batallón Rifles, obedeciendo el Ejército Republicano todo, órdenes del General Sucre, 3 de Diciembre de 1824.