A partir de 1.550 comienza a consolidarse la conquista en los territorios de la actual costa ecuatoriana. Los Caciques indígenas, que hasta entonces habían gobernado sus parcialidades con la aquiescencia de las pocas autoridades españolas, empezaron a ver disminuidos sus privilegios en beneficio de nuevos burócratas peninsulares que llegaban por millares, atraídos por la bonanza de la minería y por los crecidos tributos indígenas.
Este fenómeno de entrega de poder no se realizó rápidamente, por el contrario, necesitó de medio siglo para su asentamiento, de suerte que pocos notaron el cambio; hacia 1.620 las antiguas familias de Caciques, otrora poderosas y hasta feudales, estaban casi todas arruinadas y clamaban ante la lejana corte en Madrid por la concesión de minúsculas canonjías para no caer en la indigencia.
Los orgullosos Quishpe, señores naturales de Punín y que en 1.540 habían entroncado con doña María Atabalipa, hija del Emperador Atahualpa, trabajaban de modestos organistas en la Iglesia de Riobamba y eso que eran descendientes de Incas. Igual cosa ocurría con los Chapalbis de la jurisdicción de San Luis, que habían emigrado y andaban por pueblos y collados prácticamente mendigando. Los Conllocando, también de regia estirpe puruhá, vegetaban en Licán dedicados a la agricultura. Los Llagurima que habían peleado denodadamente un siglo atrás contra las fuerzas invasoras de Huayna Cápac, aún se conservaban en Calpi, pero tan disminuidos y maltrechos que hasta sus moradas habían sido abatidas por el tiempo y vivían en chozas. También residían en Calpi otras familias de la nobleza puruhá como los Luisa, los Chambo y los Quimiag, sus miembros figuran en los primeros padrones levantados por los diezmeros para cobrarles tributo y aunque apelaron a la Audiencia de Quito para liberarse de esa pesada carga personal, ni siquiera se les hizo justicia en todos los casos y sólo los hijos y nietos de Caciques, que no las ramas colaterales, obtuvieron excepciones. Estos Quimiag también gozaban de tierras en la población que lleva su nombre y que aún existe en la provincia del Chimborazo.
En Guano vivían los Tunca y los Chamba. Estos últimos eran descendientes de príncipes y generales puruhaes miembros de la corte de Condorazo y habían gobernado vastas regiones, incluso el río Chambo tomó su nombre del apellido de esta familia, al pasar por sus territorios.
En Yaruquíes residían los Duchicela, rama mayor de la familia reinante en Puruhá y por lo tanto Caciques principalísimos. Allí se había escondido después de conocer la muerte de su padre el Inca, uno de sus hijos varones llamado Rocca o don Fernando, al haber sido bautizado por los franciscanos de Quito y allí vivió obscuramente y siempre atemorizado de que lo fueran a asesinar como le había sucedido a numerosos parientes suyos.
Este príncipe tenía en sus venas la sangre imperial de los Incas y la real de los Shiry – Duchicelas, unía en su persona a las tres casas más poderosas e importantes de los Andes del norte, pero la suerte que corrió fue triste, viviendo en un poblado de segunda categoría, sin corte ni servidores y dentro de la monotonía gris de un paisaje nunca cambiante; sin embargo sus descendientes los Lobato, los Huaraca y los Carrillo nunca olvidaron sus regias estirpes y en los siglos XVII y XVIII las probaron numerosas veces ante la Audiencia y las últimas ramas viven aún en poblaciones rurales como Sigcho y Píllaro.
Si tan desalentador era el panorama en la sierra, no lo era mejor en la costa donde los indómitos chonos fueron diezmados por la epidemia de viruelas que azotó el continente en 1.599, reduciendo la población indígena en un 40%. Así pues, a medida de sus posibilidades, fueron internándose por la cuenca del Guayas hacia el norte, primero a Daule, luego a las montañas de Balzar y por último a las espesuras de Santo Domingo, entonces llamada tierra de “Nono y Nanegal”, para formar las actuales comunidades de indios Colorados. En este lento pero incontenible avance fueron acompañados por los Huancavilcas, Yanques y Puilches, con quienes se avinieron a última hora para hacer frente común al enemigo español.
Los Caciques de Puná de apellido Tumbala, jefes mayores de la confederación de esa isla, fueron asesinados con motivo de las guerras contra los incas y tumbecinos primero y contra los españoles después. Hacia 1.585 vivía en Lima don Diego Tomalá (había castellanizado su nombre indígena) como militar de baja graduación especializado en construir navíos mercantes y de guerra. Después regresó conservando sus tierras y pozas salinas en Puná, pasó a residir en Guayaquil y dejó descendencia, que gozó de riqueza, quedando como recuerdo un hermosísimo escudo de armas donde figuran indios bogando en canoas sobre ondas celestes y blancas de agua.
Los Caiche de Daule descendían de los reyes de Colonche y Manglaralto por varonía y ejercían el Cacicazgo de Daule en propiedad, fueron los últimos en detentar poder político y económico. Doña María Cayche se daba el lujo de recibir en su casa a presidentes, obispos y oidores de la Audiencia cuando pasaban por Daule, atendiéndose con boato. También les proporcionaba ayuda para que prosiguieran sus viajes, enviándolos con guías sacados de su tribu o parcialidad.
Los caciques Guale, los Quijije y los Piguave subsistieron en Jipijapa, los Cacao y sus descendientes, en lo que hoy es Palmar; los Tumbaco, los Borbor, los Vite, los Mite, los Orrala, los Quimi, los Pincay, los Ascencio, los de la O, los Villón, los Alejandro, los Yagual y los Villao, también de la provincia del Guayas, aunque no caciques, eran considerados indios principales, de orígen Huancavilca.
Los Sono y sus descendientes de apellido Reina salen de Caciques de Lambayeque en el norte del Perú y los Sangurimas, de la novela famosa de ese nombre, son los mismos Llangurimas de Calpi, que al pasar a la costa por razones estrictamente fonéticas modificaron la pronunciación de la primera letra del apellido.