El discutido régimen de las Encomiendas indígenas se aplicó poco y breve en la costa durante el siglo XVI, por las graves epidemias de viruelas que azotaron estas regiones, sobre todo en 1599; pero si efímera fue su existencia, no por ello pasó desapercibido en nuestra historia, pues las Encomiendas se crearon para evitar los abusos de la sádicas y codiciosas autoridades. El 28 de enero de 1536 se prohibió marcar con hierros candentes a mujeres y niños, bajo ningún pretexto, so pena de perder oficios y haciendas. El 30 de mayo de 1541 se prohibió a las autoridades llevar a sus casas a las mujeres indígenas, casadas o solteras, para su servicio. En octubre de 1549 se prohibieron los trabajos forzados de mujeres y también que jueguen naipes o dados, ingieran bebidas alcohólicas o contraigan vicios que mermen su virtud, pues con la llegada de los españoles habían degenerado las costumbres sexuales, tornándose promiscuas.
Los indios practicaban la homosexualidad como lo prueban numerosos testimonios precolombinos; otros eran polígamos en exceso, alcanzando tal prebenda en premio a servicios distinguidos en el campo de batalla y sus mujeres no por eso se sentían postergadas, dada la desigualdad numérica existente entre los géneros.
Los indios llanos eran monógamos a la fuerza y podían ser casados o concubinos. Los primeros se unían a sus compañeras en vistosas ceremonias. Los concubinos vivían con los mismos derechos y obligaciones de los casados, castigándose el adulterio en ambos casos. El divorcio no gustaba pues constituía una prueba de fracaso sexual. Las mujeres podían ser regaladas como sucedió en México con la famosa “Malinche”, entregada a Cortés por el Cacique de Cempoala, quien informó que era hija de “Caciques de muchas tierras y siervos”, esclavizada por causa de una guerra ocurrida años antes. Añgunos indios libres pasaban a ser esclavos por conveniencia y otros por deudas, recuperando su libertad al tiempo de pagarlas con servicios personales. Es difícil explicar si los hijos de esclavos por guerras nacían libres o esclavos; por la conformación tribal de los indígenas, se cree que dichos hijos nacían libres y procreaban en libertad.
El regalo de mujeres no entristecía ni apocaba a nadie significaba una contraprestación en quien lo recibía al iniciar la relación sexual y estando el concubinato era admitido y legalizado como el matrimonio ¿Qué de raro tenía el regalo? De allí se explica el éxodo de indígenas costeños hacia el centro y norte a través de los bosques de Daule, las vegas de Balzar y las montañas de Santo Domingo, para escapar del duro e incomprensible sistema sexual español que les imponía el matrimonio monógamo cuando los conquistadores practicaban los más desenfrenados excesos sexuales. Del Cap. Sebastián de Benalcázar se conoce que en su recorrido por tierras de América procreó más de seis hijos ilegítimos en otras tantas mujeres indígenas y con este ejemplo ¿Qué varón indígena podía sentirse feliz practicando la monogamia impuesta por los evangelizadores y encomenderos? Por eso los Chonos huyeron para conservar su libertad sexual y hoy forman las tribus de los indios Colorados que no existía en la zona de Santo Domingo para la época de la conquista, pues se formó después.
Con las tribus de la costa marítima ocurrió algo muy diferente. Su régimen de producción económica era inconveniente para el conquistador, enseñado a obtener abundantes frutos de la rica economía de hacienda. Esos indios solo poseían los frutos del mar, difíciles de ser guardados y trasladados, pues se pudrían. Por eso la codicia española los dejó libre del pesado yugo de su autoridad y practicando sus costumbres sexuales ancestrales, en la pobreza y aridez de sus tierras aledañas al mar. Esos “cholos” no sufrieron una aculturización inmediata, conservándose hasta la presente racialmente puros.