En 1815 el Rey Fernando VII escogió al Teniente General Pablo Morillo para que se traslade a pacificar los territorios de Venezuela y Nueva Granada levantados contra su poder. Morillo era de regular estatura y muy corpulento, tenía don de mando y ojos negros y profundos que brillaban atentos y sin descaro; incansable, robusto, talento superior y genio constante en todo género de privaciones; pero, la elección no fue correcta, porque Morillo equivocó el método y en lugar de venir con genio conciliador prefirió el látigo y las cadenas y aumentó la brecha entre criollos y chapetones, entre insurgentes y realistas. A Venezuela llegó acompañado de los Brigadieres Pascual Enrile y Francisco Tomás Morales llamados “los terrores de los malvados americanos” y miles de experimentados soldados de la península que habíanse curtido en las guerras contra los franceses.
El 18 de agosto puso cerco a la amurallada plaza de Cartagena de Indias frente al Mar Caribe y después de ciento seis días de durísimo asedio, el 6 de diciembre la tomó por hambre.
Cuando entró a la plaza hizo fusilar a numerosos patriotas, volvió a erigir el Virreinato de Santa Fe y activó a la Inquisición como si nada hubiera pasado desde 1810. Enseguida su lugarteniente Sebastián Calzada derrotó a los patriotas en Cachiri y el Pacificador pudo entrar sin problemas en la capital colombiana, mientras los próceres se desbandaban en todas las direcciones. Camilo Torres, llamado “el verbo de la revolución”, renunció la presidencia de la Junta de Gobierno y fue reemplazado por José Fernández – Madrid, quien no pudo reorganizar a los derrotados soldados del país, pues solo seis voluntarios se presentaron a su llamado por Bando y claro está, con tan corto ejercito, nada se hacia.
El 5 de mayo de 1816 el Presidente Fernández – Madrid abandonó la ciudad; ese día amaneció claro y despejado, aunque negros nubarrones políticos se cernían sobre todas las cabezas. Había un desorden desconsolador y muchas gentes se movían en las plazas sin saber qué hacer. Varios cañones estaban abandonados en las calles, igual que los fusiles, lanzas y municiones dejados por los soldados en su huida. Solo el General Serviez y quinientos patriotas siguieron en perfecta formación rumbo a Pore, a donde llegaron el 23 de junio con solo cincuenta y seis leales, pues los demás se habían desbandado en el camino, donde también quedó botada la imagen de la Virgen de Chiquinquirá.
Morillo había marcado su paseo triunfal desde Cartagena a Bogotá, pasando por Mompós y Ocaña, con la sangre de numerosos mártires patriotas fusilados o arrastrados a prisiones y esto se conocía en la Bogotá. El 26 de mayo Morillo y Enrile entraron de noche y por una callejuela secundaria, vestidos con amplio levitón que les cubría casi todo el cuerpo y parte de la cabeza y ancho sombrero de paja sin insignias. ¿Dónde está el general Morillo? le preguntaban algunos jinetes, creyendo que se trataban de simples comerciantes ¡Atrás viene¡ contestábales y se hacía señalar la casa que el Cabildo le había destinado para morada, a donde entró sin saludar a nadie.
Poco tiempo después todos conocían de su presencia y se formó una Comisión para saludarlo, siendo recibidos en la sala por el burdo Pacificador que salió de gran uniforme y conderaciones al pecho, a decirles: “No se extrañen señores: un General español no puede asociarse a la alegría fingida o verdadera de quienes hasta hace pocos días regaron sangre de soldados de su Majestad. Si hasta he temido que mi caballo resbale en ella…”‘
Llegó, dicen las Crónicas, “fiero y fementido y entre las sombras agoreras de la media noche, creyendo que América aún era la misma salvaje región que conquistaron los Corteses y Pizarros siglos antes y se metió a sus habitaciones. ¡Cuan equivocado estaba!”
Al día siguiente se constituyeron los Consejo Permanentes de Purificación y la Junta de Secuestros para condenar a muerte, a prisión y a la pérdida de sus bienes materiales, a los sujetos que de una u otra forma habían sido alguna vez del partido Patriota. La cárcel y los edificios del Colegio del Rosario y de la Tercera Orden franciscana fueron convertidos en presidios, donde los detenidos permanecían incomunicados. El 30 de mayo algunas matronas lo visitaron pidiéndole clemencia para la ciudad por ser el día del onomástico del Rey Fernando VII y sufrieron el ultraje de salir despedidas con palabras de grueso calibre. El primer mártir fue el General Antonio de Villavicencio y Berástegui, fusilado el 6 de junio previa degradación militar, por la espalda y sentado en silla para mayor escarnio. “Salió muy entero y llegó al sitio donde estaba el pelotón. Allí lo degradaron quitándole el sombrero, la espalda y el uniforme y todo botaron con desprecio. El mismo se sentó en el banquillo y le tiraron por la espalda.”
Días después murió ahorcado y fusilado al mismo tiempo, el infortunado José María Carbonell, pues su cuerpo fue estropeado por el verdugo y se sacudió varios minutos pendiente de la horca en horribles contorsiones y sin poder morir, entonces la tropa le disparó tan de cerca que la túnica de lienzo que le cubría la ropa comenzó a arder.
Poco después terminaron fusilados en la huerta de Jaime, así llamada por un peninsular que había sido su propietario, los próceres Jorge Tadeo Lozano, Emigdio Benites, Crisanto Valenzuela, Miguel de Pombo, Francisco García de Celis y José Gregorio Gutiérrez que fueron al suplicio acompañados de varios sacerdotes y presididos de los hermanos del Monte de Piedad con ropas de color morado y tocando campanillas de lúgubres sonidos.
Cuenta la tradición que José Gregorio Gutiérrez al pasar por la antigua calle Real de Bogotá, divisó en el balcón de su casa a su mujer Antonia Vergara y a cuatro hijos suyos vestidos rigurosamente de duelo y arrodillados, entonces se hizo un momento de profundo silencio en que las miradas se enlazaron. Plantó la comitiva y las campanillas dejaron de tocar. El reo les dio su bendición y continuó la marcha hacia la muerte.
Días después fueron ajusticiados Camilo Torres, Rodríguez Torices, Dávila y el no menos recordado Pedro Felipe Valencia, Conde de Casa Valencia, que antes de hacerse patriota había estrellado contra el suelo su escudo nobiliario de piedra que tenia sobre la chimenea del gran salón de su casa, diciendo: “Así como rompo este escudo, rompo con la tradición y el título y desde hoy seré solamente Valencia, ciudadano de la Patria.” Años después sus deudos lograron reunir los trozos dispersos, conciliando la tradición con la República y hoy se enorgullecen de sus ancestros nobiliarios y sirven a su país con honor.
El 29 de octubre fue fusilado en la plaza de San Francisco el sabio Francisco José de Caldas, compañero de Humboldt en Quito, que permanecía preso en el Colegio de Rosario. De él se cuenta que al salir de la celda pasó por un callejón que daba al patio y recogiendo un trozo de carbón, escribió en una pared una letra “O” alargada y dividida con una raya. Muchos años más tarde se supo el significado del acertijo ¡Oh larga y negra partida.”
El Jefe Fernández – Madrid, que había huido al interior, fue apresado, pero salvó su vida porque el taimado Morillo logró enterarse que tenía numerosos parientes en Madrid y temió el poder de ellos ante el Rey, pero de todas maneras lo desterró gritándole “Tiene tres días para partir y vaya a aprender lealtad donde sus parientes.” Después desterró a noventa y cinco sacerdotes y a dos Gobernadores del Obispado, Monseñor José Domingo Duquesne y Juan Bautista Pey, por tener “muy alborotados a los demás curas con ideas raras y truculentas.”
Por fin, el 16 de Noviembre abandonó Morillo la capital y pasó nuevamente a Venezuela donde los acontecimientos militares reclamaban su presencia porque “un bravo generalito apellidado Bolívar” les estaba ganando varias batallas a los soberbios soldados españoles vencedores de los ejércitos de Napoleón y en los llanos encontró Morillo quien le hizo ver el valor de los guerrilleros americanos, al punto que tras largas campañas y múltiples acciones, tuvo que tranzar y abandonar definitivamente el suelo americano.