El Congreso de 1839 fue distraído con diversas acusaciones que se propusieron contra el Ex-Presidente Rocafuerte; una del ex Jefe Supremo Valdivieso por haber sido desterrado en 1838 como cómplice en la revolución de Riobamba, otra por el coronel José María Urvina que le acusaba de infracciones de la Constitución; y la 3ra. mucho más grave, que propuso el Diputado José María Cucalón, por el decreto que dio poniendo fuera de la ley a los autores de esa revolución. Tales acusaciones no se llevaron a cabo, porque el General Flores intervino con los acusadores para hacerles retirar o para que no insistieran en ellas.
