Convirtió también a la fe a los indios que componían las doctrinas de Ganipaya y Guapa. Primo y confesor del marqués Francisco Pizarro, contribuyó con su consejo a que el conquistador hiciese muchos bienes a la religión, solía siempre amonestar al Marqués que, en todas sus acciones y proyectos, tuviese presente el santo temor de Dios, que fuese fiel a su Rey y procurase con todas sus fuerzas el incremento y propagación de la religión católica. Pizarro, conociendo la buena y santa intención de su confesor, le oía de buena gana, y consecuente con sus amonestaciones hizo muchos bienes en su gobierno. Grandes sumas de dinero repartió por manos de Fray Sebastián, en obras piadosas y en edificios de iglesias, especialmente en fundaciones de conventos. En fin, fu varón distinguido en la honestidad de vida y costumbres, muy erudito, célebre Biólogo, y muy versado en derecho canónico. Fray Sebastián Trujillo fue el primer sacerdote que celebró misa en Quito.
