Uno de los regidores de Quito, el cual se trasladó en persona a a la provincia del Norte, visitó los pueblos de Otavalo y de Caranqui, inspeccionando, con cuidado, el punto intermedio en que pudiera fundarse la nueva ciudad, y, examinada despacio la comarca, coligiese una llanura pintoresca y dilatada en el extenso valle, que se halla a las faldas del Imbabura. Elegido-el sitio, precedieron dos requisitos legales que se acostumbraban practicar antes de toda nueva fundación; se llamaron y convocaron todos los caciques de la provincia y se les interrogó acerca del perjuicio que pudiera ocasionarles la fundación proyectada ye como declararan que no les causaba ninguno , se fijó el día que debía hacerse la fundación, el 28 de Septiembre de 1.606.
Fue el primer corregidor de la villa, cuidó de que se construyera la primera iglesia y dio para ella dos campanas, Era hijo de uno de los más acaudalados vecinos de Quito, 1lamado don Alonso, esposo de Doña María de Silíceo, fundadora del convento de Santa Catalina de esta ciudad.- Don Alonso de Troya era comerciante, había servido al Rey en la defensa del puerto de Nombre de Dios, y después se había establecido en Quito. Entre los solares que se repartieron en Ibarra, Cristóbal de Troya adjudicó de preferencia uno, para que allí se fundara una escuela de niños. Aun no había pasado todavía ni un año completo desde la fundación de Ibarra, cuando ya, en Marzo 1.607 , Don Cristóbal de Troya salió para inspeccionar la provincia y trasmontó la cordillera occidental , observando por donde podría abrirse el camino para el mar. Diez años después de la muerte del Presidente Recalde hacia 1622 se volvió a poner mano en la abandonada empresa del camino de la villa de Ibarra a la desembocadura del rio Santiago en la provincia de Esmeraldas y fue mandado el capitán Cristóbal de Troya, con algunos soldados para reducir a la tribu de los Malabas, que estaban alzados y para castigar la muerte del padre Mercedario Fray Pedro Romero Superior del convento de Portoviejo y de otros españoles que habían sido asesinados bárbaramente a traición, por los indios. Troya bajo a la provincia y logro sujetar con no poco trabajo, a las tribus rebeldes. Troya fue casado con Mariana Freile de Andrade, hija de Dn. Jácome Freile de Andrade que enviudo, se ordeno de Clérigo.
Miembro de la hermandad y Cofradía de Nuestra Señora de los 7 Dolores y Compasión , de la Recoleta dominicana, de Nuestra Señora de la Peña de Francia, en 1.600, en Quito.