Desde 1.853, en que fallece el Obispo Monseñor José María Plaza, promuévanse disensiones en el seno del Cabildo Eclesiástico, siendo la de mayor trascendencia la ocurrida el año 1.857, en que parte de los miembros de él declárense m franca rebeldía contra el Señor Vicario Capitular, el Presbítero Tomás Torres Arredondo. Se llega al extremo de que el Canónigo Doctoral Julián Antonio Álvarez, recurriendo a ciertas maniobras que arguye ser de orden legal, suspende en el ejercicio de la jurisdicción al Vicario Capitular, alegando su falta de idoneidad, su ineptitud y su incapacidad administrativa El Presbítero Tomás Torres Arredondo, propietario de la bella y costosa hacienda de Guayan en el cantón Pau te. El Sr. Torres fue considerado idóneo (en 1.845, en reemplazo dé Mariano Veintimilla) para regir esta iglesia, no hay razón para que hoy no lo fuera. Los años y el manejo de los negocios públicos han debido aumentar su experiencia y aptitud..
En 1.853 volvieron a nombrarle de Vicario Capitular, alegando para apoyar el nombramiento, el tino y prudencia con que gobernó la diócesis.. El Sr. Torres tiene un carácter pacífico, buenas y auteras costumbres. Este ruidoso pleito de carácter religioso termina con la resolución dada por el señor Delegado Apostólico, la cual es conocida y acatada por el Cabildo Eclesiástico en sesión 17 del de Marzo de 1.858. Por tal providencia, “se declara nulo e írrito el pretendido juicio seguido al Vicario Capitular. El Dr. Torres Arredondo, serenada la tempestad, continúa en el ejercicio de sus funciones hasta el 9 de Abril de 1.861, en que presenta la renuncia de su cargo, pero con la expresa condición de que el sucesor sea el Dr. Remigio Esteves de Toral. Al día siguiente se reúne el Cabildo y sin tomar en cuenta el deseo del Dr. Torres, designa Vicario Capitular al Dr. Mariano Veintimilla, siendo éste no sólo rechazado por el Gobierno ,sino obliga do a salir del país. En cuanto al Dr. Esteves de Toral, pocos meses después recibe de parte del Papa Pío IX las Bulas que le designan Obispo de Cuenca, tomando posesión de su alta dignidad el 28 de septiembre de 1.861.
Habiendo estado durante muchos años vacante el Obispado de Cuenca, el Congreso ecuatoriano quiere remediar tan anómala situación y elige para este alto cargo al Dr. Pedro A. Torres , en virtud del derecho de Patronato que el Gobierno ejerce entonces; mas este distinguido sacerdote se excusa de aceptar la honrosa designación, por lo que la legislatura de 1.846 se ve en el caso de reemplazarlo. En esas circunstancias, Don Vicente Rocafuerte presenta la candidatura del Padre José Manuel Plaza, haciéndolo con tanta vehemencia y en términos tan encomiásticos que el Congreso cede a la insinuación del ilustre patricio, no obstante que, con anterioridad, estaba candidateado varón de tantas ejecutorias como el Dr. José Miguel Carrión y Valdivieso, Obispo de Botrén.