En 1803 la región de los Quijos viene a formar parte del recién fundado Obispado de Maynas. Hipolito Sánchez, el primer Obispo de Maynas, nombrado en 1804, realizó un viaje de visita por su Obispado, durante los años de 1808 a 1811. Su informe así como las instrucciones que dió durante el viaje, nos permiten enterarnos de algunos aspectos interesantes de la situación de los Quijos.
El Gobernador de aquella época y Comandante General de Maynas, Diego Calvo, dice que el recién nombrado Obispo de Maynas había incitado a los Hijos y otros indios, a los que visitó poco tiempo antes durante su viaje de visita.
No creemos que el Obispo haya incitado directamente a los Quijos, sino más bien parece que su actitud amiga para con los indios tuvo efectos estimulantes; de tal manera que los indios cobraron valor para defenderse. Además hay que tener en cuenta que el Obispo era un hombre luchador y que en muy poco tiempo tenía discusiones no sólo con los demás hermanos de la orden franciscana, sino también con la administración civil. Por ello, ni el Obispo, ni el Comandante General omiten oportunidad alguna para denunciarse mutuamente ante el Virrey, siendo muchas veces imposible determinar si una acusación es cierta o no. En esta “lucha por el poder” ni siquiera vacilan en interpretar de manera negativa algunas disposiciones positivas. Por ejemplo, en una parte se dice que el Obispo trasladó los pueblos de Payamino y Napotota a otros lugares y las campanas de Archidona las hizo llegar al pueblo Suno, y que esto y la confección de un registro de habitantes se hizo con la única finalidad de disolver la “Gobernación del río Napo” sometiendolo a una administración meramente eclesiástica.