En 1864 el Dr. Luis Antonio Salazar, quien entonces hacía de Fiscal, declaró sin lugar formación de causa, Un informe privado, que tengo a la vista, añade: “Dictado auto de sobreseimiento, no salió de su prisión el Sr Juan Borja Lizarzaburu sino después de varios meses, de muchos vejámenes Y de satisfacer nuevas contribuciones. Libre salió al Perú, convencido que no podía vivir en su Patria mientras en el poder se hallase su adversario. “Borja era un hombre liberal, sin miras de ninguna especie”, dice Moncayo. No tenía ambición, ni la conocía. No creía que el hombre debe amar a su Patria, por amor al Poder y por las satisfacciones que da posesión del Mando. El amaba a la Patria.
Dos de les Vocales, los Drs. Luis Antonio Salazar y Pablo Herrera, temerosos de desagradar a García Moreno, votaron porque los acusados fueran pasados por las armas.