Durante la época del mando del General Urbina solo se fusiló a Briones y a sus cómplices en el asesinato horrible cometido por esos bandidos en algunos de los hombres que Flores traía en su expedición pirática en 1852. Esta expedición protegida por Echanique, Presidente del Perú, se hizo con el pretexto de restablecer el Gobierno legítimo de Noboa, como si Noboa no hubiera debido, como Urbina, su elevación a un movimiento de cuartel. Echanique ofreció a Noboa toda clase de elementos, con la sola condición de que el General Flores, el traidor de la América, que había sabido captarse su voluntad, sería el Jefe militar de la invasión, y aún cuando es un hecho de que Noboa rechazó esa protección, el caso es que Flores enganchó a toda la gente perdida de las costas peruanas y chilenas, y acompañado por don Manuel Carbo, sobrino de Don Diego Noboa y por Vicente Piedrahita; el Comandante Sotomayor y Luna y otros parientes y amigos del mismo ex-presidente, salió del Callao en el Vapor Chile y seguido por cuatro buques de vela, atestados de elementos de guerra, Don Diego Noboa, se trasladó a Piura más tarde, con el objeto de recibir a su familia que debía llegar del Ecuador. En la isla de Puná se avistaron con Flores el Teniente Coronel Víctor Proaño y otros Noboistas, y se comprometieron a marchar al centro de la república, a revolucionar el país pero no cumplieron nunca sus promesas. Flores entró a la ría de Guayaquil y disparó algunos cañonazos contra la ciudad. Los Generales Urbina, Illingworth y Villamil defendieron la Plaza, y le obligaron a retirarse vergonzosamente sin haber ocasionado otro daño las balas de su buque, que la muerte de un español Reina (partidario entusiasta de FLores), el cual salió al balcón de su casa a gritar como energúmeno en los momentos del bombardeo.
