Habiendo estado durante muchos años vacantes el obispado de Cuenca, el Congreso ecuatoriano quiere remediar tan anómala situación y elige para este alto cargo al Dr. Pedro A. Torres, en virtud del Derecho de Patronato que el Gobierno ejerce entonces; mas este distinguido sacerdote se excusa de aceptar la honrosa designación, por lo que la Legislatura de 1846 se ve e el caso de reemplazarlo. En estas circunstancias, don Vicente Rocafuerte presenta la candidatura del Padre José Manuel Carrión y Valdivieso, obispo de Botren. Cumpliendo las instrucciones del Presidente don Vicente Ramón Roca, el Ministro del Ecuador cerca de Santa Sede, don Fernando Lorenzana, presenta para la Mitra de Cuenca a Fray Jose Manuel Plaza, en virtud de lo cual su Santidad Pio IX lo preconiza para dicho puesto y lo instituye en esta silla Episcopal el 29 de Julio de 1848. La elección le llega a la selva. Sale a Riobamba y, de acuerdo con la ley de Patronato, presta el juramento constitucional ante el Gobernador de esa Provincia. Se le presenta una grave dificultad: no posee sino su habito y una Cruz, careciendo en absoluto de dinero, “para ocurrir a Roma por el Fiat, llegadas las Bulas a Quito, en esa Capital se lleva a cabo su consagración el 29 de octubre de 1848. El padre José Manuel Plaza, hijo del Guayaquileño don José Antonio Plaza y de la dama riobambeña doña Catalina Tejera nace en Guamote el 10 de enero de 1772. A los diez y seis años viste el sayal franciscano. Profesa en junio de 1790.
Y en 1796, en calidad de misionero, se interna en el oriente amazónico, en donde permanece por el espacio de cincuenta años, durante los cuales realiza una esforzada labor, que atrae la atención de todos cuantos llegan a conocerla, por la abnegación con que la desempeña en forma infatigable, ya catequizando infieles, ya instruyéndoles en los usos de la civilización, ya propendiendo a la colonización, ya ayudando a las misiones científicas que penetran en esas apartadas regiones. Tal admiración suscita su evangélico proceder, que generalmente se lo conoce por el Apóstol del Ucayali o por el Ángel del desierto calificativos con que se alaban y agradecen los bienes que derrama a manos llenas Cuando Monseñor Plaza viene a regir la diócesis de Cuenca, setenta y seis años pasan sobre él. Sin embargo de su avanzada edad, se contrae por varias acciones a realizar la visita pastoral por los extensos territorios de su jurisdicción. Ese es su trabajo predilecto, pues en cuantos asuntos de administración, confiesa no entenderlos. No es de aquellos fatuos que lo que no saben lo aparentan saber. Con la sencillez que le caracteriza, les manifiesta al Provisor riofrio y a otras personas mas lo que tiene resuelto: “Yo no he de hacer, sino lo que me diga mi hermano, el padre Solano.” (Carta de Fray Vicente al Dr. Laso, fechada en Cuenca el 1 de Noviembre de 1848) en efecto, lo constituye el diestro mentor de sus actos: Solano le escribe las Pastorales, le aconseja y le guía en todo al anciano Prelado. Monseñor José Manuel Plaza, siempre amante de la evangelización, a pesar de ser ya octogenario emprende viaje al oriente azuayo, con el objeto de catequizar a los jibaros de Gualaquiza. Regresa de esa gira y emprende en una nueva visita pastoral, animado por el celo religioso, pero ya con las fuerzas físicas en completo decaimiento, por lo que la muerte le sale al encuentro en el pueblo de Deleg el 18 de septiembre de 1853, a los ochenta y un años, ocho meses y medio de una vida que con justicia puede llamarse de heroico ascetismo.
Fray Vicente Solano pronuncia la oración fúnebre del austero prelado; había del dulce recuerdo que deja este, por lo que las lagrimas vertidas a su memoria son “Lagrimas deliciosas”; recuerda haber sido “testigo de su vida y confidente de su corazón”; como misionero “desplego el celo de los primeros siglos del cristianismo”; narra que cuando sus parientes y amigos lo quieren traer de Deleg a Cuenca, les dice sus últimas palabras: “Dejadme morir aquí en paz y en Silencio”. Tuvo una alma” digna de ver la región de la luz y de la inmortalidad”.