Lo fue el ilustrísimo Sr. Fray Pedro de la Peña, dominicano, natural de Cobarrubias en el Arzobispo lo de Burgos. Fue electo Obispo de Quito el año de 1563; tomo posesión el 22 de mayo de 1565 y murió en Lima el de 1588, habiendo concurrido al Sínodo Provincial el de 1583, que fue el primero que se hizo. Gobernó su Diócesis 22 años.
El año de 1564 fundó la Real Audiencia de Quito, cuyos Ministros estrenaron sus facultades con este respetable Prelado, disponiendo que el Escribano de Cámara Bernardino Cisneros, le intimara una Real provisión. El Escribano se dirigió al Palacio Episcopal, y no encontrando en él al obispo, le requirió en la calle. Su señoría ilustrísima le pidió con el menor modo, que le permitiera primero decir misa en la iglesia, y que después pudiera hacerle la notificación. El atolondrado y bárbaro Escribano desenvainando la espada que llevaba ceñida se la puso en el pecho diciéndole, que los ministros del rey no debían guardar consideraciones a ninguna persona. Viendo este desacato un Alcalde Ordinario, mando prender al sacrilegio Escribano, y le puso preso en la cárcel: más llevando la Audiencia mal el procedimiento del Alcalde, ordeno la soltura del Escribano, el que no tardo en morir de un modo desastroso. El Rey, a quien ocurrió el Obispo, desaprobó estas tropelías, y dio providencias muy serias a favor de la dignidad episcopal, como aparece de la Real cedula que se halla en Archivo Capitular.
En el año de 1566, después de haber hecho la primera en 1539 cuando los primeros conquistadores habían entrado a Quito, hizo el volcán de Pichincha la segunda erupción, muy sensible en la ciudad por los temblores que causo con mucho quebranto de las casas y edificios. Arrojo gran cantidad de piedras de enorme tamaño, peñascos encendidos y otras materias, que cubrió el ejido de Iñaquito.
En 1577 fundó este ilustrísimo Prelado el Monasterio de la Concepción de esta ciudad.
El 3 de septiembre de 1575 a las dos de la tarde, hizo Pichincha su tercera erupción. Fue tan violento el movimiento de la tierra que parecían oleajes del mar, sin que ninguno pudiese mantenerse en pie por mucho tiempo. Muchos edificios cayeron a plomo, y entre ellos varias iglesias y torres y las que no cayeron quedaron inutilizadas. Murieron muchas personas bajo las ruinas.
Hubo otra mayor en el año de 1660 de que hablare en s de los indios Maynas, en cuyo viaje escapo su lugar.
El ilustrísimo Sr. Obispo de quien hablamos, visito muchas veces su obispado, y entro a las ásperas selvas de los indios Maynas, en cuyo viaje escapo de morir por haberse volcado la canoa en que iba.
El P. Fray Antonio Calancha, agustino, en su Crónica Peruana refiere dos sucesos raros acaecidos en tiempo de este obispo.
El primero, la lluvia de sangre en la villa de Riobamba, que sus habitantes tuvieron por pronóstico de grandes calamidades.
