Hasta el año de 1826 se vivía en el Sur bajo el régimen del terror. Salón en Pasto y después su Teniente el coronel Flores, en Quito el Coronel Morales y en Guayaquil el general Juan Paz del Castillo comprimían no solo los movimientos revolucionarios como en Pasto, sino que castigaban de muerte por las más ligeras sospechas. Estas escenas de sangre servían en Guayaquil para avivar la odiosidad lee colombianos, y en las demás provincias para hacerles arrepentir del entusiasmo con que habían recibido a sus Libertadoras haciendo por ellos los más nobles sacrificios.
Despacho Lamar de comisionados General Juan Paz del Castillo y los señores José María Caamaño, y Martín Santiago de Ycaza, quienes celebraron un arreglo en que se estipulo que los cuerpos colombianos de la 3ª. División que ocupaban a Guayaquil serian enviados a otras provincias y que esta ciudad recibiría guarniciones de las de Flores, quedando el General Lamar con el mando mientras el Gobierno le nombrase sucesor. Como la Municipalidad se negó a ratificar ese convenio, el general Flores continúo su marcha sobre Guayaquil, mientras que el Jefe Superior, General Pérez, que había regresado a Quito, quedaba en Babahoyo, que había fortificado, para conservar las comunicaciones en el interior.
El 25 de febrero de 1823 Bolívar nombra al General Juan Paz del Castillo Comandante en Jefe de La Guardia, y le instruye acerca del desempeño de su cargo.
El 20 de marzo del mismo año, Bolívar nombra Intendente de Guayaquil al General Juan Paz del Castillo, y ordena que el cesante le entregue los archivos.