Entre tanto el Almirante Guise, con la escuadra Peruana compuesta de la fragata Prueba, de la corbeta Libertad, una goleta y tres o cuatro lanchas cañoneras penetro en la ría de Guayaquil; protegido por la grande marea y por una fuerte brisa sorprendió e incendio la batería de las Cruces el 22 de Noviembre, rompiendo la cadena que le impedía la entrada. El resto de la tarde cañoneo la ciudad a esa distancia. Al día siguiente permaneció tranquilo hasta las 4 de la tarde en que con la brisa y la marea se puso al frente de la ciudad arrojando sobre ella millares de proyectiles. Gracias a los materiales de que se componían las casas pudieron quedar en pie, aunque sufriendo graves daños. Por la noche intento Guise apoderarse de una de las embarcaciones que estaban acoderadas al muelle pero fueron rechazadas sus cañoneras. En la misma noche montaron los colombianos un cañón de grueso calibre; y al amanecer del dia siguiente 24 rompieron el fuego sobre la fragata Prueba, que felizmente había encallado en unos de los bajitos a larga distancia. El cañón bien dirigido por el capital de navío Juan Ignacio Pareja hizo destrozos horribles en la fragata quedando muerto el almirante Guise. Cuando la fragata pudo flotar, se retiro a dos o tres leguas de distancia a reparar sus averías.
El 12 de octubre de 1833 tuvo lugar la revolución militar a la cual poco después se dio, el nombre de chiguagua, que los amigos del Gobierno le dieron por desprecio, comparando a los revolucionarios con la deforme moneda acuñada en esa ciudad mexicana.
Un sobrenombre tan afrentoso merecía esa banda de criminales, que disponiendo de la fuerza pública cometió un robo escandaloso en el almacén del comerciante Malo, y otros vario excesos. Quien sabe cuál habría sido la suerte de Guayaquil si no se le hubiese ocurrido a Mena, excitado por algunos de los que le rodeaban, enviar una comisión militar, a las ordenes del Capitán Campos, para que tomase en Naranjal a Don Vicente Rocafuerte que debía por ese tiempo llegar a ese pueblo, y le condujese a la ciudad, campos cumplió su encargo sin ningún obstáculo, pues llevaba una orden escrita con la firma falsificada del General Juan Ignacio Pareja, que acababa de ser depuesto de la Comandancia General.
Rocafuerte llego a Guayaquil el 18 y fue recibido con demostraciones de contento por la población que con su venida esperaba tener garantías de seguridad.
El general Flores había mandado a la matanza al Coronel Pío Díaz para que desde la brilla hostilizase a las goletas chiguaguas, ancladas a corta distancia. Al mismo tiempo aprovechándose de la marea mando al General Pareja con dos goletas y muchos esquifes retrocediese a encontrarse con los botes enemigos. No tardaron en abordarse y en pocos minutos tomo Otamendi tres de los botes que condujo a la ciudad llenos de sangre; los otros dos botes pudieron salvarse.
Entre tanto, el Comandante Dionisio Navas, tenaz guerrillero chiguagua, dejo las cabeceras del Daule donde su guardia y se avanzo a Guayaquil, que con la ausencia de Flores y de su ejército, había quedado sin tropas. El 23 de octubre entro en la ciudad por el lado de ciudad vieja. El General Juan Ignacio Pareja Comandante General no tenia para defenderse más que un corto destacamento de gendarmería unos pocos soldados de caballería y una columna de jóvenes que apenas conocía el uso de las armas, y que felizmente, por haberles dado otra dirección no entraron en combate. Los jinetes del gobierno mandados por el Coronel Daste salieron al encuentro de los de Navas y los órdenes del Coronel Uzcategui cayeron a los invasores los destrozaron y dispersaron completamente.
El capitán de Fragata Juan Ignacio Pareja quien en 1826 fue elegido representante en el Congreso fue así mismo alumno de la escuela.
Y en un cambio de marea la Presidente quedo entrampada en el bajo que había frente a la Aduana, en pleno centro de la ciudad. El providencial accidente fue aprovechado sin demora por las fuerzas defensoras. El Coronel Juna Ignacio Pareja hizo traer al Malecón una pieza de a 24 con la cual se cañonea la nave invasora con gran precisión.
El 18 de marzo de 1834 los chihuahuas invadieron las aguas del golfo.
Una hora duro el cañoso fratricida que dejo como saldo trágico dos gobiernista y un revolucionario muertos: El capitán Fiallos y el Teniente Rodríguez y el Comandante Ferrusola, respectivamente. Entre los gobiernistas resuelto herido el Comandante Juna Antonio Fernández, pero salió indemne su valeroso jefe Juan Ignacio Pareja.