Nació el 13 de septiembre de 1782. Fue bautizado el 26 de septiembre del mismo año.
Recibió el orden sacerdotal en la primera década del siglo XIX cuando Guayaquil era Vicaria Foránea de la Diócesis de Cuenca. Por esta razón, el Dr. José Antonio fue Prebendado Mayor y Arcediano de la Catedral Azuaya.
Fue elegido Diputado al Congreso de Colombia en 1823 y al ecuatoriano en 1833. Otorgo testamento en Loja el 5 de junio de 1835.
Fue hermano del Dr. Francisco de Marcos y Crespo, firmante del Acta del 9 de octubre de 1820, ambos hijos del Dr. Antonio de Marcos y González Carbonera, Abogado de la Real Audiencia de Quito, nacido en Villarruel, España, y de Dña. Francisca Crespo y Cassaus, nacida en Yaguachi.
Sirvió en los siguientes Curatos:
Vinces: del 1° de mayo de 1813 al 8 de diciembre de 1815; y por segunda vez, del 14 de noviembre de 1818 al 24 de febrero de 1822.
Palenque: desde el 1° de mayo de 1813 hasta el 21 de octubre de 1822.
Marcos, José Antonio. Reflexiones que hace un verdadero amigo de su patria sobre el papel intitulado “El amigo del país”, Guayaquil, 1822.
Colegio electoral de la provincia de Guayaquil, celebrado el 21 de noviembre de 1820. José Antonio Marcos y Crespo, Diputado por Palenque.
El 24 de Julio de 1822 se reúne el Colegio Electoral conforme a la convocatoria de la Junta de Gobierno o triunvirato destituido posteriormente por Bolívar. Para Presidente tiene mayoría de votos el Dr. Vicente Espantoso, y los cuatro votos que no le son favorables son para el Sacerdote de la Catedral Dr. Pedro Benavente, Olmedo y Dres. José Antonio Marcos y Sebastián Delgado. Para Vicepresidente no hay discrepancia, por unanimidad y aclamación se nombra al dr. Manuel Rivadeneira, cura y Vicario de Portoviejo.
Dos canónigos de Cuenca presentaron una moción pidiendo que se invistiera de facultades extraordinarias al General Flores. El Diputado José Antonio Marcos. (Presbítero) hizo la proposición, el diputado Peñafiel (otro presbítero), la de que la resolución se dictase al momento (1843).