El 31 de mayo de 1865 el Comandante José Marcos embarcado en el vaporcito Washington abordó y tomó a este segundo Guayas llevándose lo a Puná a unirse con el Bernardino y otro velero, para completar la flotilla que Urbina había logrado formar en su campaña contra García Moreno.
Había en dicha ciudad un joven de familia distinguida, llamado José Marcos, Comandante Marino: tenía muchos amigos, y no le fue difícil organizar una empresa de hombres de provecho. Comprometió a D. Francisco M. Game, Capitán de vapor fluvial Washington, antes Anne, de la compañía Inglesa; y unido con D. Juan Heredia, D. Eduardo Hidalgo, D. Juan Bohórquez y otros 30 jóvenes valerosos del Guayas, salió ocultamente de Guayaquil. En el sitió llamado Palo Largo, entre Guayaquil y Babahoyo, todos se embarcaron en el Washington, el 31 de mayo de 1865, por la tarde; y por la noche embistieron asadamente al Guayas, Buque de Guerra del Gobierno. Mandaba el comandante José Matos, quien fue muerto en la refriega. La tripulación del “Washington”, se unió con la del Guayas; y ambos buques, al mando del comandante Marcos, tomaron rumbo a las costas del Perú, para ponerse a órdenes del Gral. Urbina, quien los esperaba en el buque Bernardino, mandado por el Cnel. José María Vallejo, militar Guayaquileño de los tiempos de Bolívar. Acompañaba las Goletas la Luz, a órdenes del Comandante Antonio Suarez. Formada con estas naves la flota, vino inmediatamente hasta cerca de Guayaquil, y se detuvo en los sitios llamados Punta Gorda y Cantagallo. El Cnel. Rafael Real se hallaba en Taura, y se incorporo a los expedicionarios, con un pequeño grupo de patriotas. Algunos días permaneció la flotilla en punta Gorda, en expectativa de que Guayaquil se levantara; pero como esto no sucedió, hubo de regresar a Jambelí, en el Golfo, distante de Guayaquil 140 kilómetros.
El Guayas disparo el primer cañonazo, le contesto el Talca con algunos, y unos de estos tiros, perforo el Guayas a flor de agua. El buque empezó a inundarse: no podían ser defensa los disparos de fusil de un grupo de valientes. Marcos comprendió que el peligro era inminente, pues iba a ser abordado su buque, y se precipito a la Santa Barbará, con una mecha encendida en la mano. La Santa Barbará, estaba ya inundada. Marcos volvió a la cubierta, y ya encontró en ella al enemigo, y a varios de sus compañeros degollados. Fue aprehendido al instante, así como a todos los sobrevivientes de los suyos; y acto continuo pasaron todos al Talca, porque el Guayas estaba yéndose a pique. García Moreno mandó fusilasen a Marcos. “Fusílame” dijo Marcos. “¡Un patriota como yo no pide la vida a un asesino!” Unieron al heroico Marcos con el no menos valiente Juan Bohórquez Colocaron los a orillas del buque y de espaldas al mar, y dispararon; ambos cadáveres cayeron inmediatamente al agua y se perdieron.