El Obispo de Guayaquil quedo en su casa, por hallarse al borde de la muerte.
Fue preconizado por Su Santidad Pio IX en el Consistorio del 22 de noviembre de 1869.
Recibió la Ordenación episcopal el 7 de junio de 1870 en la iglesia del Gesu en Roma por el Emmo. Sr. Cardenal José Ignacio Moreno, nativo de Guatemala e hijo de Dn. Miguel Moreno y Moran de Buitrón, guayaquileño, y que llego a ser Arzobispo de Toledo, en España.
El 7 de octubre de 1870 Monseñor Lizarzaburu comunica al señor Gobernador de la Provincia que tendrá la satisfacción de celebrar Misa Pontifical por primera vez en la fiesta cívica del Nueve de Octubre.
Durante el año 1871 hace arreglos con el Ilmo. Delegado Apostólico sobre las Parroquias de los religiosos. Elevo a la categoría de Parroquias a los Recintos a Anexos muy grandes y populosos, de las extensas parroquias de Portoviejo.
De acuerdo con el Vble. Cabildo oficial Sr. Ministro de Culto para el Gobierno envié el Santo Padre Pio IX los 11.000 pesos que aun adeuda a la iglesia de Guayaquil, que sirvan como de algún lenitivo a la Santa Sede en la triste circunstancia de ese año.
Acuerda con el Cabildo Catedralicio la construcción de la Capilla de S. Pedro en la Catedral. Inicia su primera visita Pastoral. Nombre las Comisiones del Seminario Conciliar, mandadas por los Sagrados Cánones.
Según Sínodo Diocesano: A este egregio Obispo le toco celebrar y presidir el II Sínodo Diocesano de Guayaquil, en los días 25, 26 y 27 de octubre de 1871. En este Sínodo se publicaron y proclamaron las Decisiones y Decretos del Concilio II Provincial Quítense, que se verifico en 1869 el mismo que fue aprobado por la Santa Sede el 28 de marzo de 1871.
Otros Acontecimientos:
Mons. Lizarzaburu construyo el primer Palacio Episcopal, de 1870 a 1872.
Asistió al III Concilio Provincial Quítense, de 1873 en el cual se decreto la consagración de la Republica del Ecuador a Sagrado Corazón de Jesús.
Predicaba con muchísima frecuencia y se dedicaba de lleno a sus trabajos pastorales buscando solamente la gloria de Dios y la salvación de las almas.
La muerte del Arzobispo de Quito, Mons. Checa y Barba, causo grande impresión en su virtuoso corazón y comenzó a declinar en su salud. El 28 de septiembre de 1877 encomendó el Gobierno de la Diócesis, por motivos de enfermedad, a Mons. Luis de Tola, Obispo de Portoviejo, aprovechando su estada provisional en Guayaquil y como subrogante al Sr. Canónigo Pio Vicente Corral. Días después, el 17 de octubre, confortado con los Sacramentos de la Santa Madre Iglesia, falleció santamente en el Señor.
Incremento la enseñanza de la Doctrina Cristiana, invitando a los seglares que tomen parte activa en esta labor, anticipándose así a la Acción Católica, para morales de la sociedad cuya causa principal se origina en la falta de la instrucción religiosa tanto en la ciudad como en el campo.