Para 1590 ya no era el licenciado Vélez sino el Dr. Juan del Castillo que se trataba de retener en la ciudad. Los capitanes Juan de Londoño y Francisco Proaño de retener en la ciudad. Los Capitanes Juan de Londoño y Francisco Proaño. Fueron comisionados para visitar a los 50 principales vecinos de la ciudad para que se obligasen a darle un salario con el cual pudiera “entretenerse en esta ciudad”. Se observa desde 1590, la presencia del Tabardillo (tifus exantemático o tabardete que continuaría asolando la comarca por lo menos hasta 1614. En 1717 el Hospital se encontraba cerrado. Para el cabildo el reabrirlo era cuestión de responsabilidad cívica. En el aspecto sanitario su cierre era un absurdo inadmisible. Por ello Juan del Castillo, protomédico de la ciudad, pidió al Cabildo, en febrero de 1721, que se abriese el hospital para que se pudiese curar los enfermos. Se llego a pedir que el depositario de los bienes y rentas del Hospital, el capitán francisco de Troya y Lobo, indicase lo que tenia recaudada. Porque en realidad, el hospital subsistía como fondo institucional.
