En Diciembre de 1859 había partido de Guayaquil el Coronel Manuel Cerda, a restablecer el gobierno del general Franco, en el Distrito del Azuay: En Enero de 1860 salió de allí, a la cabeza de sus tropas, con el objeto de unirse con León. De Jefe de la guarnición quedo en Cuenca el general Fernando Ayarza. Cerda se aproxima a Riobamba, cuando el General Maldonado, ya al mando de las tropas de García Moreno, se puso en camino y encontró a Cerda en Sabun. Combatieron el 29 de Enero de 1860. Tan completamente derroto Maldonado a Cerda, que este y 150 de los suyos cayeron prisioneros.
En 1860 después de desbaratar en el combate de Sabun al ejército franquista comandado por el Coronel Manuel Cerda Tomas M. Maldonado Continua a Cuenca para liberar a esta del régimen franquista. Así lo consigue fácilmente pues el jefe de la guarnición, general Fernando Ayarza, ante la imposibilidad de ofrecer resistencia por la escasez de su gente y recursos, opta por entregar la plaza. Vuelve a ejercer la gobernación de la Provincia el doctor Ramón Borrero quien en gesto magnánimo indulta a todos los franquistas, inclusive a don Mariano.
El 14 de junio 1865 aprehendió y desterró al Perú, en el vapor Paita, a muy respetable señoras, como doña Mercedes Calderón, hermana de la esposa de Rocafuerte, doña Simona Ailuardo y a la señorita Matilde Gutiérrez. Ni antes, ni entonces, ni después, García Moreno tuvo la menor consideración con las mujeres. En el mismo vapor fueron también desterrados los Sres. Pedro Carbo, Rosendo avilés, Manuel Cerda, Tomas Wright Rico Francisco Valverde, Agustín Tola y Alejandro Vascones.