Huayna Capac el más famosos de los Incas, tuvo muchísimos hijos, doscientos, según Gomara, pero de ellos no conocemos sino dos legítimos: Intu-Cusi-Huallpa, el hijos de su segunda hermana Rava-Ocllo, mas conocido con el nombre de Huacar, y Manco.-Capac, habiendo en su tercera esposa, Mama-Runtu, prima suya; dos ilegítimos, pero de sangre de los reyes de Quito; Atahualpa e Illescas, hijos de la reina Pacha, tres bastardos: Paullu, hijo de una de sus concubinas del Cuzco y Huayna-Palcon y Cory, hijos de una de las que tuvo en Quito, dícese que prima de la reina y, según el historiador Valasco, lla,ada Quispi-Duchisela. Mas, de todos estos hijos, que dejamos nombrados solo Atahualpa ha pasado a la posteridad, como digno representante de sus gloriosos antepasados y sucesor de sus tatarabuelo, el Inca Viracocha.
Fue atacado de viruela en tierra ecuatoriana y hasta algunos creen que murió de aquella enfermedad, aunque esta última afirmación nos parece ser acertada. Falleció en Quito en 1526. Por el Sur de Guayaquil, fue atacado de paludismo al igual que sus tropas cuando se dirigía a castigar a los punas que habían dado muerte a sus dobles Orejones.