Fray Carlos Azaldegui llegó a Guayaquil en 1817 ignoramos el día exacto. Venía a hacerse cargo del hospital. Los cuatros primeros años transcurrieron en relativa paz. Fue en 1821 cuando tuvo su primer problema. Ni bien comenzado el año surgieron las quejas sobre la mala administración y el cabildo dispuso que los regidores se turnasen para visitar diariamente el hospital, comenzando por Domingo Santisteban. Pero no era tanto mala administración, como insuficiencia de rentas y estrechez de local. Las autoridades españolas habían ampliado considerablemente la guarnición local, y los soldados que asistían en el hospital por lo menos desde mediados de 1819 y cada vez en mayor número. Fray Carlos estaba agotado con todos los problemas que había tenido que afrontar. En julio cayó enfermo. El sindico vivero dispuso que lo substituye el mayordomo de propios. El Municipio considero que las funciones de mayordomo eran incompatibles con las de prior y más bien ordeno que el propio síndico reemplazase al prior. El Prior admitió y no podía hacer otra cosa que había remitido los artículos de la capilla a Lima.
Esta fue razón suficiente para que se ordenase su arresto; solo que por consideraciones a su condición de religioso se le permitió quedar recluido en el convento de Santo Domingo, en vez de llevarlo a la cárcel. Naturalmente, en guardia de su prestigio personal y del buen nombre de la comunidad a que pertenecía, de inmediato escribió a sus supervisores en Lima para que devolviese los vasos sagrados.
Aunque se reconocían “los padecimientos y trabajos” que pasaba el Prior por estar recluido, solo se oficio al Vicario para que lo dejase en libertad cuando se recibió una comunicaron del comandante General de Marina del Callao, participando que el bergantín Prosperito, que estaba próximo a salir de ese puerto, se remitiría una caja con una custodia y otros vasos sagrados del hospital. La libertad del padre Azaldegui era, sin embargo, condicional, pues quedaba prohibido de salir de la ciudad hasta que se efectuase la entrega de los objetos sagrados y se concluyese la revisión de sus cuentas. El padre Azaldegui, ansioso de demostrar su buena fe, se apresuro en llevar personalmente la carga al ayuntamiento para hacerle entrega formal de toso lo reclamado. Los valores que se le habían confiado a ese caritativo religioso fueron no solo aceptadas sino que hubo que reconocerle un alcance a su favor por unos respetables 1.431 pesos, en pago parcial de los cuales se le entregarón, el 7 de octubre de 1824, la cantidad de 702 pesos. Restituido en sus funciones, el Padre Azaldegui continuo actuando con la misma pulcritud y en marzo de 1826, la Junta Administradora de las Rentas Municipales ordenaba pagarle otro alcance de 491 pesos. Con las quejas de los médicos se suscito otro incidente de lo más fastidioso para el padre Azaldegui. El prior por el estilo. El padre Isasi respondió acusando al padre Azaldegui de malversación. El cabildo, en salomónica decisión, los suspendió a ambos, encargándose la administración a Juan María Bernal, y lo espiritual a Fray Santiago Oyersun.
Esto fue el acabose para el padre Azaldegui. Ya completamente decepcionado, procedió a liar sus bártulos y partió a Lima, cavilando sobre el sino fatal que lo había perseguido durante su estancia en Guayaquil.
