En la noche del 25 de Julio de 1867, tocaron a rebato en el campanario de Santo Domingo, y despertó el vecindario sorprendido, el que luego se atumultuó en la plaza de tal nombre. Dos sacerdotes Dominicanos llamados Alomia y Aristizábal, aparecieron, de improviso, en lo alto de la cornisa, sobre la fachada del templo y alternativamente predicaron, excitando, conmoviendo, exacerbando, a los oyentes, con la narrativa de los abusos de los reformistas Italianos. Refirieron, por fin, que los frailes Ecuatorianos habían sido despojados de su Convento, por orden del Delegado de la Santa Sede, llamado Tavani; y acto continuo, la multitud penetró al convento, en pos de los detentadores, quienes ya habían huido. Al nuncio, en persona, le insultó el pueblo indignado; y luego descendió a la recoleta, tomó en hombros el menaje de los frailes Ecuatorianos y volvió con él al convento principal. De presidente estaba ya el Sr. Carrión, las autoridades dominaron, con facilidad, el motín, y los sacerdotes nacionales quedaron sometidos. Entre estos sacerdotes, fue víctima expiatoria el Padre Juan Francisco Alomia , Joven Ibarreño, de familia expectable, ilustrado, digno, inteligente y bondadoso. Mirábanle los reformadores con inquina, precisamente por sus méritos. El 25 de Julio del año siguiente, este fraile fue a casa del nuncio, a suplicarle revocara el nombramiento de visitador in cápite supra priorem, del conventillo de Ibarra, hecho en la persona del suplicante, porque el clima de Ibarra le enfermaba. Negó el Delegado y añadió que su ánimo era obligarle a salir fuera de la capital. Desígnele al conventillo de Cuenca, a donde debía partir dentro de tres días. Después de hablar con el Arzobispo, regresaba el padre castigado a su convento, resuelto a obedecer la orden del nuncio; pero en la calle se atumultuó la gente, informada de que el padre iba a salir desterrado, y el llevaron en brazos a su celda, con lágrimas y otras manifestaciones de dolor. Acto continuo se presentó fuerza Armada atropelló a varios frailes nacionales, aun les abofeteó y les arrestó, con furia, a la prisión. Pudo escapar el padre Alomia; y por la noche se dirigió a la legación Peruana, en solicitud de asilo el Sr. José Manuel Suárez, encargado de Negocios del Perú, informó lo conveniente acerca del asilo, al Ministro de Relaciones Exteriores, quien opinó debía partir el religioso, no ya a Cuenca, según última disposición de Tavani si no a Ibarra, no de visitador, si no de simple conventual. Al mismo tiempo, el perseguido había enviado otro oficio al nuncio, repitiéndole obedecería su mandato; y diciéndole que si se había refugiado, tan sólo tenía por causa de seguridad de su persona, vista la violencia con que la fuerza armada había apresado algunos frailes, y dejados a otros, con centinela de vista, en sus celdas. Se comprobó más tarde que la fuerza armada había sido solicitada por el delegado Apostólico. El Sr. Suárez acompañó al Padre Alomia hasta el ejido de Iñaquito, en su viaje a la provincia de Imbabura. Días después. En Agosto de 1.868, dirigió dicho padre una nota severa al nuncio.
