Escribió la siguiente obra: Carta escrita al Virrey del Perú en el que le da cuenta del descubrimiento de una provincia que le parecía ser el Dorado, el 23 de Septiembre de 1852.- Manuscrito original en la biblioteca Real.
Agustín Ahumada, Gobernador de la región de los Quijos en 1580 a 1584. En su nombramiento expedido por el Virrey Francisco de Toledo consta que uno de sus cometidos es el de la protección de los indios contra abusos por parte de los encomenderos. A pesar de ello ordena por ejemplo, que los Quijos le tejan tela por 12.000 pesos, naturalmente sin pago (118), a pesar de que se le atribuye un sueldo de 2.000 pesos (119). En lugar de someter a “Los Omaguas” descubiertos por el capitán Rodrigo de Miño, tal como le fue encargado, pasa por la región de los Quijos con una tropa compuesta de españoles e indios serranos reclutados a la fuerza. Como de costumbre son los indios quienes soportan los costos de esa expedición. Muchos de los cargadores serranos se caen agotados por las cargas tan pesadas en la selva húmeda y calurosa; los Quijos tienen que entregar aprovisionamiento y otras cosas, y Ahumada apresa también a muchos de los caciques Quijos.
Finalmente, cuando incluso ni respeta los derechos de los encomenderos, el Cabildo de Ávila presenta en 1584 sus quejas ante la Audiencia de Quito. Entre otras cosas, se le acusa a Ahumada haberse llevado a indios pertenecientes a la encomienda de un tal Juan de Ribera para utilizar sus servicios como cargadores y la mujeres de esos indios fueron retenidas como concubinas por el Gobernador y su comitiva.
Además, los encomenderos se sienten ofendidos en su orgullo por el hecho de que un mestizo llamado Blanco – un sirviente de Ahumada – – hacer cargar a los indios, de Baeza a Ávila, a su amante india Catalina. El Gobernador no interviene, aunque es privilegio exclusivo de las esposas de los encomenderos, hacerse cargar durante los viajes. Blanco debía fundar reducciones cerca de Ávila, pero no lo hizo a pesar de recibir un sueldo por este concepto (120).
A Ahumada lo encarcelan en Quito, pero más tarde, nuevamente lo ponen en libertad porque, según dicen, pudo rechazar como infundadas las acusaciones levantadas contra él (121).