El primero fue don Blas Aguirre de Ugarte, quién trabajó de contador de la Caja Real de Flandes y luego vino a Loja, con el cargo de contador de la Real Caja de esta ciudad. Hacia 1580. No se sabe quiénes fueron sus padres ni quienes hayan sido sus hijos; pero parece que dejó su descendencia en el pueblo de Santiago, casándose, sin duda, con una caciquesca, pues el 24 de Julio de 1709, nos hallamos con la sorpresa que el cacique de Santiago era don Blas Aguirre. Por otra parte en 1742, figura en un testamento la India de Santiago Pascuala Aguirre. Esto desde luego debe probarse mediante una investigación prolija en los libros bautismales de Santiago.
El segundo Aguirre que llegó a Loja, hacia 1688, fue don Francisco de Aguirre Mendiaras y Vidaurre, natural del señorío de Vizcaya. Casó con la lojana doña Magdalena de Robles Garnica, hija de don Sebastián de Ojeda, natural del señorio de Vizcaya, y de doña Antonia Garnica, vecina y natural de Loja. Tuvieron por hijos legítimos a don Antonio Sixto, a don Toribio, a doña Eusebia, a doña Antonia, a doña Mariana y a don Francisco Marcelo, quién murió a los seis años de edad.
Doña Eusebia se casó con el capitán don Pedro Rojas. Fue su hija doña Francisca Ana, bautizada el 28 de Julio de 1714.
Doña Mariana se casó con el Capitán Domingo Samaniego. Fueron sus hijos: Bernarda, Faustina, Manuel, Vicente Javier y una segunda Faustina, bautizada el 22 de Abril de 1722.
Don Toribio se casó con doña Basilia Frías de Miranda, natural de Cuenca, hija del Capitán don Manuel Frías de Miranda, natural de la villa de Torrejón y de doña María Tinoco del Mercado, vecina de Loja. Tuvieron por hijos a Pelayo; a Sancho, religiosa de la Concepción en Loja. A Zara, mujer de Don Miguel Carrión y Vaca; a Teodomira, esposa de don José Hermógenes de Ojeda; a Laurencia, mujer del Alférez don Manuel de Riofrío y Peralta; a don Tirso; a don Serafino de Aguirre, quién era regidor y alguacil mayor del ayuntamiento, quien se casó con doña Lucinda Briceño; y a don Graciliano casado con doña Juana Celi Mendoza.
A esta línea perteneció don Manuel Aguirre Espinosa, cuya partida de nacimiento no se halla todavía; se casó en Loja con doña Gregoria Ludeña y Losano, el 8 de Agosto de 1795. Fue su hijo, entre otros, don José María Aguirre, quién se casó con doña Agueda Losano, bautizada en Cariamanga el 2 de febrero de 1820, hija legitima de don José Losano y doña María de las Mercedes Piedra.
Fueron sus hijos: Bárbara Agustina, casada con don Miguel Palacios, Jerónico Agustín; Zoilo, quién se casó con doña Agueda Palacio, Rosa Elvira, casada con don José María Flores; José María; Genara Genoveva casada con Dario Samaniego, María Emilia, quién se casó con el Dr. Miguel Sánchez González, Francisco Javier; Gertrudis, nacida en 1860, casada con el Dr. Leopoldo Moreno.
Hijos de doña Emilia Aguirre Losano y del Dr. Miguel Sánchez fueron: Carlos Alberto, Isabel, José Antonio, Victoria Isabel, Miguel Federico Luis, Eloísa Josefina Rosario y Agueda Emilia.
Doña Isabel Sánchez Aguirre se casó con el Dr. Abelardo Aguirre Jaramillo, hacia 1889. El tercer Aguirre llegado a Loja fue don Juan Antonio Aguirre de Dicastillo, natural de la ciudad de Victoria, hija de don Juan Javier Aguirre y Ugalde y doña Catalina de Dicastillo Echalecu, naturales de Victoria.
Llegó a Loja siendo mancebo, con una capa al hombro y sin otros bienes de fortuna. Parece que fue un joven que huyó de su casa y viniera a dar a Loja. Al poco tiempo le hicieron casar con una rica heredera, doña Gertrudis de Alvarado. Fueron sus hijos: María, Victoria; Custodia Rita, Juan Manuel, Joseph Cayetano, Juana Basilia, Juan Orensio Fermín y Domingo.
Muerta su primera esposa, se casó en segundas nupcias, con doña Francisca Torres Conde, el 10 de Abril de 1718, fueron sus hijos: Tomás José, Isidora Micaela Constantina, Juana Francisca, Juan Pedro Pablo, Leonor Tadea, Prudencia Josefa y María Liberata.
Don Juan Antonio Aguirre de Dicastillo testó en 1742 y existe su testamento en la Notaría Primera de Loja.
Hijo de don Tomás Aguirre Torres Conde y de doña María de Ureña fue don Joseph de Aguirre. Don Joseph Aguirre. Don Joseph Aguirre y Ureña se casó con doña Polonia Suárez y Ramírez. Fue su hijo, entre otros, Ramón Aguirre, bautizado el 1° de Septiembre de 1777.
El regidor Ramón Aguirre se casó con doña Gregoria Carrión y Rodriguez, hija de Martín Javier Carrión Irrazabal y de doña Antonia Rodríguez de Córdova. Hijo suyo el Dr. Manuel José Aguirre Carrión, Gobernador de Loja, bautizado el 22 de Octubre de 1831.
El Dr. Manuel José Aguirre Carrión se casó con doña Adela Jaramillo Castillo. Tuvo por hijos a los doctores Manuel y Abelardo Benjamín Aguirre Jaramillo.
El Dr. Manuel Aguirre Jaramillo fue el primer que instaló un ingenio azucarero en Malacatos en su hacienda La Trinidad. Se casó con doña Rosa Adriana Bermeo, siendo su hija doña Adela Aguirre Bermeo, casada con el Dr. José Miguel Carrión Mora, siendo sus hijos: Alejandro, Carlos, Adriana, Victoria, Rosa y Esperanza Carrión Aguirre.
El Dr. Abelardo Benjamín Aguirre Jaramillo fue bautizado el 23 de Junio de 1863. Se casó con doña Isabel Sánchez Aguirre.
Sus hijos: Margarita Isabel, bautizada el 19 de Abril de 1890; Hortensia, bautizada el 26 de Julio de 1891; Elvira; Miguel Angel Benjamín, fallecido de niño; Abelardo; Manuel José; Isabel María Rosario; Rosa Emilia Catalina; Miguel Angel; Lucrecia María; Carlos Alberto; Eduardo Vicente; Victor Alfonso, bautizado el 1° de Octubre de 1912; Augusto; Julio Eduardo; María, y Mariana, bautizada en 1918.
El Coronel Abelardo Aguirre Sánchez se casó con doña Micaela Castillo. Son sus hijos; Dolores, Fanny y Dr. Abelardo Aguirre Castillo. El Dr. Manuel José Aguirre Sánchez se casó con doña Rosadelia Asanza son sus hijos: Bertha, casada con el Dr. Tomás Aguirre Ruiz: Manuel actual Cónsul del Ecuador en Medellín; el General Carlos Enrique Aguirre A., Ministro de Relaciones Exteriores; Ing. Jorge Aguirre A.; Enma Gloria y Piedad Aguirre Asanza casadas.
Doña Rosa Aguirre Sánchez se casó en primeras nupcias con César Anda Rumazo, sus hijos: doña Amelia Isabel, casada con el Dr. Eduardo Mora Moreno; Dr. Alfonso Darío, doña María Piedad y general Vicenta Anda Aguirre, ex Ministro de Educación. En segundas nupcias se casó con el Coronel Angel Obdulio Serrano. Sus Hijos: Dr. Angel y doña Isabel Serrano Aguirre.
El Dr. Miguel Angel Aguirre Sánchez se casó con doña Vicenta Apolo. Son sus hijos: Mayor Carlos Alberto, Dr. Marco, Laura, Guillermina y Miguel Angel Aguirre Apolo; doña Lucrecia Aguirre se casó con el Dr. Manuel Unda, son sus hijos: Dr. Edgar, Margot, Oswaldo, Capitán Hugo y Gladys.
El Dr. Victor Alfonso Aguirre Sánchez se casó con doña Clotilde Salazar. Sus hijos: Miguel, Sadie y Augusto Aguirre Salazar.
Doña María Aguirre Sánchez se casó en Cuenca con don Jorge González Cazorla. Son sus hijos: Iván, Isabel y Patricia González Aguirre.