El 6 de marzo de 1845 Guayaquil se levantó contra el régimen del General Juan José Flores y designó un Gobierno Provisional compuesto por el doctor José Joaquín de Olmedo y los señores Vicente Ramón Roca y Diego Noboa. La situación política se presenta incierta porque el Presidente Flores tenía suficientes hombres y recursos para defenderse de los marcistas; los acontecimientos posteriores provocaron un arreglo o convenio que la historia conoce con el nombre de “Tratado de la Virginia” por haberse suscrito en la hacienda de dicho nombre, cerca de Babahoyo, actual Provincia de Los Ríos.
Merced a este pacto Flores abandonó el territorio ecuatoriano y libre ya de este impedimento, el Gobierno Provisorio de Guayaquil convocó la IV Convención Nacional (unicameral) que inició sus sesiones el 3 de Octubre en Cuenca, contando con ilustres personalidades de la patria. Los doctores Pablo Merino y Ortega y Vicente Rocafuerte fueron electos Presidentes de la Convención; la Vicepresidencia fue cubierta por el doctor José Miguel Carrión y Valdivieso, que llegará a ser Obispo de Botrén y Auxiliar de la Arquidiócesis de Quito; actuaron en la Secretaría los doctores Manuel Bustamante y Francisco J. Montalvo, hermano mayor de Juan Montalvo.
Hasta el 7 de febrero del año siguiente continuó la Convención sesionando y desde el 23 de octubre dedicó sus actividades a la elección presidencial, que a la postre y luego de muchas votaciones recayó en la persona de Vicente Ramón Roca. El otro candidato era Olmedo, auspiciado por un núcleo de Convencionales de tinte liberal, en contraposición con los partidarios de Roca, conservadores. Vicepresidente resultó elegido Manuel Ascázubi y Matheu.
Posteriormente a la administración de Roca se la acusó de comprometer el crédito externo con arreglos perjudiciales en la deuda inglesa y de estar involucrada en el empréstito de la Casa Comercial Pedro Comroy, de Lima. Roca era un hombre sagaz y ducho en política, que había actuado como Diputado gobiernista en las Convenciones y Congresos anteriores; sabía desarrollar ideas, planificaba y contaba con la ayuda incondicional de los exportadores de la costa y los terratenientes de la sierra, cansados de los abusos del régimen extranjerizante y explotador de Flores y sus amigos militares, y temerosos de las innovaciones que pudieran practicar los más exaltados liberales.
En estas condiciones llegó el año de 1849 y aparecieron nuevos candidatos para ocupar la primera magistratura nacional. Los nombres de Olmedo y Rocafuerte ya no se mencionaban pues ambos habían fallecido en Guayaquil y Lima; había que llenar la vacante de Roca con una figura de primera magnitud.
Pedro Moncayo se presentó como antifloreano decidido, de los que nunca pactaron con el dictador, además tenía a su haber una hoja de conducta intachable; en 1833 fue perseguido y luego expulsado por liberal y como redactor de “El Quiteño Libre” salvó de morir casi de milagro, luego fue un “Chihuahua” de los de Puna.
Benigno Malo fue presentado por los cuencanos. Elemento liberal, moderado, antifloreano en la segunda administración, de vida correcta y ajustada a la moral. Pero siendo pocos los congresistas morlacos tuvo que contentarse con plegar a otro candidato más fuerte, el doctor Pablo Merino, abogado guayaquileño de origen riobambeño, y le propuso la candidatura; pero viendo que éste no tenía mayor apoyo y se retiraba voluntariamente de la palestra, quedaron los cuencanos sin candidato y a la expectativa de lo que decidieran los grupos quiteños y guayaquileños que, por su número, serían los que inclinarían la balanza en las votaciones finales.
Los quiteños esgrimían dos nombres: José Modesto Larrea y Jijón y Manuel de Ascázubi y Matheus, ambos de la primera distinción española por pertenecer a las Casas de los Marqueses de San José y de Maenza respectivamente. Larrea el más rico, pero tiene en su contra el floreanismo de que le acusan sus enemigos y el haberse comprometido en forma indirecta en la matanza de Hall, Conde, Echanique y otros más en el aciago año de 1833, cuando desempeñaba la Presidencia de la República interinamente por ausencia del titular Flores. El segundo era menos popular porque como la independencia acarreó a la familia Ascázubi muchos años de persecuciones que arruinaron su patrimonio, tuvo Don Manuel que encargarse de restaurarlo con su trabajo, alejándose por largas temporadas de Quito.
En 1849 Ascázubi ejercía la Vicepresidencia y en Guayaquil sonaban los nombres del General Antonio Elizalde y Lamar y Diego Noboa Arteta. El primero, de los vencedores en Pichincha y Ayacucho, donde le cupo la gloria de ser el portador de las banderas españolas tomadas en la acción, que el Congreso Peruano remitió al Libertador Bolívar. Como político era moderado y liberal, en contraposición a Noboa, tenido por conservador. Elizalde era áspero de carácter por su ancestro vasco – navarro y poco dúctil ante los demás. Noboa era hombre de mucho prestigio por representar un extenso núcleo socio económico, experto en materia política y estaba lleno de ambición. En esta situación se reunió el Congreso Ordinario en Quito el 16 de eptiembre de 1849 y los guayaquileños y quiteños midieron sus fuerzas. En el Senado triunfó Quito con José Modesto Larrea, electo Presidente de dicha Cámara. El doctor Francisco Marcos y Crespo, antiguo floreano volteado poco después del 6 de Mmarzo, abogado y guayaquileño, ocupó la Vicepresidencia, equilibrando las fuerzas; en cambio, en la Cámara baja o de Diputados, donde los integrantes eran jóvenes y liberales, el triunfo fue del General José María Urbina, quiteño electo Presidente, con el doctor Antonio Muñoz natural de Cuenca, en la Vicepresidencia.
Al iniciarse los primeros tanteos pre electorales y estando aún vivo el recuerdo del militarismo extranjero de Flores y todas sus fatídicas consecuencias para el país, los Congresistas quiteños se resistían a aceptar la candidatura de otro militar, el General Antonio Elizalde Lamar, liberal guayaquileño, y no pudiendo apoyar a ninguno de los dos candidatos quiteños, porque Larrea era tildado no sólo de floreano sino de cómplice y Ascázubi tenía en su contra todas las acusaciones que se le hacían al régimen de Roca, a la postre apoyaron a Noboa, con el secreto fin de prolongar la lucha presidencial con Elizalde y facilitar la ascensión al Poder del Vicepresidente Ascázubi.
La primera votación arrojó el siguiente resultado: Elizalde 24, Noboa 18, Merino 2 y Malo 1. Se concretó entre los dos primeros y ninguno obtuvo los 2/3 requeridos para el triunfo y como transcurrían los días y se aproximaba el 15 de octubre de 1849, fecha en que vencía el plazo que señalaba la Constitución para elegir el Presidente de la República, El Vicepresidente Ascázubi, que no había perdido las esperanzas de ocupar el solio presidencial, conspiró con su yerno el doctor José María Lasso para impedir que un guayaquileño fuera electo, contando con los Congresistas quiteños que habían firmado un pacto secreto – al decir del doctor Francisco X. Aguirre Abad – mediante el cual, se comprometían a mantener las votaciones casi empatadas, ya sea votando por Elizalde o por Noboa.
Así las cosas llegó la medianoche del 14 y en el escrutinio centéso,p quinto Elizalde apenas aventajó con tres votos a Noboa. El resultado fue 24 a 21. Roca había dejado de ser Presidente y los legisladores encargaron el Poder Ejecutivo al Vicepresidente de la República, Manuel Ascázubi y Matheu, quien de inmediato dio a conocer el nuevo gabinete; en Hacienda, José Félix Valdivieso, y para lo Interior el doctor Benigno Malo.
¡Qué distinto habría sido para los intereses de Guayaquil y de la Patria si el señor Noboa, al no obtener mayoría en el Congreso, hubiera resignado su candidatura en homenaje a la mayoría que apoyaba a Elizalde; pero no lo hizo, prefiriendo que Ascázubi ascendiera en perjuicio de su contendor!
1850 fue un año de gran trascendencia. Ascázubi oteaba en el horizonte político negros nubarrones, sobre todo en Guayaquil, donde el General Urbina era jefe militar y comprendía que se preparaba una revolución en su contra. A su despacho llegaban denuncias, así pues, tanteó el panorama y se decidió a actuar; cambiaría la guarnición militar de la plaza poniendo gente de su confianza; mas, Urbina se le adelantó el 20 de febrero dando el golpe de estado. Entonces ofreció la Presidencia a Elizalde que la rechazó airado con una de sus consabidas rabietas, y como Urbina no se sentía fuerte como para afrontar solo la situación se decidió por Noboa, el otro candidato, quien aceptó inmediatamente su ayuda militar y trató de llegar a un acuerdo con Ascázubi, a la sazón en Quito.
Con fecha 4 de marzo Noboa le propuso la convocatoria de una Asamblea Constituyente y la separación del doctor Benigno Malo de la cartera del Interior, cosas que Ascázubi rechazó de plano; y viendo que no arribaba el gobierno a ningún acuerdo, los congresistas quiteños le retiraron su apoyo y entraron en conversaciones con los partidarios de Noboa, pues ambos grupos eran de la misma tendencia, llegando a un convenio a espaldas de Ascázubi, mediante el cual se entregarían los Cuarteles de Riobamba a Noboa y el 10 de junio le pronunciaron Jefe Supremo en Quito. Los cuencanos, algo atrasados de noticias, creyendo llegado el momento de la captación del poder, se pronunciaron por Elizalde el 15 del mismo mes. Ciertamente que Elizalde Lamar, por rama materna, estaba emparentado con numerosos azuayos y quizá tal vez este nexo de parentesco pudo captarle el auspicio de ellos; pero no es menos cierto que él debía ser el Presidente por simple mayoría de votos y por la popularidad que tenía en el país. Por ello fue que Manabí, Imbabura y Carchi también le proclamaron, y Ascázubi, ante la gravedad de los hechos, resignó el mando que en forma provisional detentaba desde octubre.
Quince días después, el 23 de Julio de 1.850, se celebró el Tratadode la Florida, en la hacienda de ese nombre, del Recinto Petrillo, Cantón Daule, ambos contendores podían seguir dominando en las provincias que les había proclamado hasta tanto la Convención Nacional convocada para elegir Presidente, arrojase un resultado definitivo.
El 8 de diciembre se realizó la primera sesión y salieron nominados Presidente y Vicepresidente los noboistas, doctor Ramón de la Barrera y Pedro Carbo Noboa, sobrino de Don Diego. ¿Qué había sucedido? pues que estando Quito y Guayaquil con Noboa y únicamente Cuenca con Elizalde ya que las otras provincias elizaldistas como Manabí e Imbabura casi no contaban por su escasa población, Noboa triunfaba ampliamente sobre su opositor con 22 votos contra 2 de Elizalde, que no se resignó y se dirigió a Manabí donde esperaba encontrar apoyo, mientras en Cuenca se proclamaba la Jefatura Suprema de Jerónimo Carrión y en Ibarra el General Fernando Ayarza se alzaba contra Noboa. ¡Era la guerra civil! pero Ayarza fue derrotado en Tabacundo y Cuenca al saberlo, temiendo contribuir a la destrucción de la Patria, aceptó a Noboa, quedando Elizalde en Manabí sin esperanza de ayuda y por eso salió a Lima. Así finalizaba una etapa de malestar político en el Ecuador y Urbina comenzó a preparar desde Guayaquil su próxima ascensión al poder, como lo pronosticara Rocafuerte en 1835, cuando dijo: “Este mocillo tiene ambición y llegará lejos”.