El 2 de agosto de 1809 había salido un piquete de soldados de Quito con dirección a Cuenca, a relevar a los que estaban en dicha urbe. Eran catorce quiteños al mando del Sargento Mariano Pozo, riobambeño de treinta y seis años de edad. La tropa marchaba secretamente comprometida por el Capitán Juan Salinas para propagar las ideas revolucionarias en el sur. El 8 arribaron a Cuenca pero la traición de don José Neyra y Vélez, hizo que una carta enviada desde Quito, pasara directamente a manos del Coronel Melchor Aymerich, Gobernador de Cuenca, quien se informó de todo, mandó a desarmar el piquete y apresó con grillos a Pozo.
Los otros comprometidos eran el tesorero de las Reales Cajas, Francisco García Calderón y el Alcalde de Cabildo Fernando Guerrero de Salazar y Piedra, apresados por el Teniente de Milicias Manuel Rodríguez y Villagómez cuando a las dos de la tarde del 24 de agosto tranquilamente almorzaban en casa del primero.
El Contador Interventor de la Real Renta de Correos Joaquín Tobar, vecino de Popayán y de veinticinco años, vivía en una de las piezas de la casa del cura de Biblián, Dr. Pedro Ochoa, donde también alquilaba el Dr. Ignacio Alonso de Velasco y el día que el correo Blas Santos llegó a Cuenca trayendo las noticias de la revolución quiteña, habiendo manifestado el citado correo que “en Quito queda hecho el pan y aquí mascarán el ajo”, dizque Tobar había agregado “Al fin gozará América de libertad con el mando de sus hijos, cesando los pechos de la rigorosa España, sacudiendo el yugo de la Casa de Borbón; puesto que es mejor ser gobernados por los patricios que por estos ladrones”. De todo esto se enteró Aymerich por boca del chismoso del Dr. Velasco y ordenó la prisión del correo insolente y de don Joaquín Tobar.
Velasco denunció al comerciante quiteño Juan Antonio Terán y al ibarreño Manuel Rivadeneira y González, que tenía una tienda de comercio en el frente de la plaza principal de Cuenca, porque habiendo visto pasar por delante al odiado Aymerich dizque se habían dicho entre ellos: “Mejor sería que nos gobiernen los criollos que los chapetones”. “Pluga a Dios que así sea.”
De todo este embrollo de delaciones y chismes obtuvo Aymerich la prisión de Fernando de Salazar y Piedra, Francisco García Calderón, Joaquín Tobar, Vicente Melo, Juan Antonio Terán, Manuel Rivadeneira y González, Marino Sánchez, Miguel Fernández de Córdova y Mariano Pozo y al 4 de Septiembre los puso en la vía de Naranjal con destino a Guayaquil, con manos atadas a las espaldas, engrillados y sobre mulas, y cuantas veces perdían el equilibrio y caían, los volvían a montar como si fueran fardos de tejidos.
Obligados a dormir a la intemperie y sobre suelos fangosos y húmedos, pasaron frio al principio y luego el insufrible tormento de los mosquitos, hasta que el 15 de septiembre llegaron a Guayaquil donde el Gobernador Cucalón los recibió en el portal de ese edificio. Los presos llegaban en total estado de calamidad y fueron bajados a hombros de negros porque los grillos les impedía cualquier movimiento por pequeño que este fuera.
Después los encerró en un calabozo de la planta bajacon cepo alto, la familia de García Calderón intervino y se les bajó el cepo y así estuvieron hasta que el 10 de enero de 1810 fueron remitidos a la orden del Presidente de la Audiencia, Manuel Urríez, Conde Ruiz de Castilla, que había vuelto a gobernar, aunque solamente de nombre, pues dependía en todo del Coronel Manuel Arredondo.
Durante los días de la prisión guayaquileña se les inició un proceso penal con la participación del Fiscal Dr. Joaquín Montesdeoca que muy suelto de huesos, después de receptarlas declaraciones instructivas, terminó por pedir la pena de muerte para los sindicados de “traición y rebelión” al Rey. En este absurdo y ridículo proceso actuó como defensor de oficio el Dr. José Antonio de Marcos y González de la Carbonera, quien prestó buenos y gratuitos servicios y hasta contribuyó de su propio peculio para la adquisición de papel sellado y tinta de escribir. El 2 de diciembre, el Procurador Común Baltazar Joaquín de Torres, contestó la Acusación del Fiscal con un brillante alegato jurídico donde no se sabe qué admirar más, si sus conocimientos en la materia o la valentía conque los supo exponer, ante autoridades tan inhumanas como despóticas.
Fernando Guerrero de Salazar y Piedra fue asesinado mientras era conducido a Quito por una poblada reunida ex profeso en Ambato. Tobar falleció en prisión, calzando aún sus atormentadores grillos. Melo no volvió a recobrar su libertad pues cayó asesinado en el cuartel Real de Lima el aciago 2 de agosto de 1810, Francisco García Calderón logró su libertad y encabezó a los patriotas del bando sanchista y luego de batirse bizarramente en 1812 en San Antonio, último baluarte de la resistencia patriota, fue derrotado por Sámano en la retirada de Yaguarcocha, entregó su espada y murió fusilado junto a sus compañeros Aguilar y Guyón.
Esa fue la triste suerte que esperaba a los valientes del año nueve en Cuenca, a través de sus odiseas en Guayaquil y Quito.